Thayer County är ett administrativt område i delstaten Nebraska, USA, med 5 228 invånare. Den administrativa huvudorten (county seat) är Hebron. Countyt har fått sitt namn efter John Milton Thayer.
Enligt United States Census Bureau har countyt en total area på 1 490 km². 1 488 km² av den arean är land och 2 km² är vatten.