För bakgrunden till namnet finns olika teorier. Enligt Martin Stugart härrör namnet Hundudden från 1300-talet eller ännu längre tillbaka. Ordet "hund" betydde i medeltidssvenskan "ett hundra man". Enligt Stockholms gatunamn kan det vara möjligt att namnet anspelar på att man har dränkt hundar eller kastat döda hundar i vattnet vid Lilla Värtan.