SNAP25 является небольшим белком (около 25 кДа). Он крепится к мембране синаптической везикулы за счёт ацильных остатков пальмитиновой кислоты, находящихся в середине молекулы белка. При образовании стыковочного SNARE комплекса с синтаксином и синаптобревиномSNAP25 предоставляет две из четырёх альфа-спиралей комплекса. По структурной классификации SNAP25 относится к подгруппе Q-SNARE.