Синтаксин относится к подгруппе Q-SNARE. Молекула синапсина состоит из трёх доменов: N-концевой регуляторный домен (Habc), комплексообразующий SNARE домен и C-концевой трансмембранный домен.
SNARE домен является 60-70-аминокислотной последовательностью, характерной для всех белков семейства SNARE.
Регуляторный домен сформирован из трёх альфа-спиральных участков. В «закрытой» конформации синтаксина этот домен закрывает SNARE домен и блокирует его взаимодействие с одноимёнными доменами других белков SNARE комплекса. Такая «закрытая» конформация синтаксина поддерживается другим белком nSec1 (Munc18). В «открытой» конформации синтаксин способен образовать SNARE комплекс.
Tao-Cheng, J. H., Pham, A., Yang, Y., Winters, C. A., Gallant, P. E., & Reese, T. S. Syntaxin 4 is concentrated on plasma membrane of astrocytes (англ.) // Neuroscience[англ.] : journal. — Elsevier, 2015. — Vol. 286. — P. 264—271.