В 1969 году в Институте славяноведения и балканистики АН СССР защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме «Русско-польские отношения и балтийский вопрос в конце XVI — начале XVII вв.»[2]
В 1979 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук по теме «Русско-польские отношения и политическое развитие Восточной Европы во второй половине XVI — начале XVII вв.» (специальность 07.00.03 — всеобщая история)[3].
В 1971—1972 и 1975—1976 годах проходил стажировку в Институте истории Польской АН. С 1994 года — профессор кафедры истории России до начала XIX века исторического факультета МГУ (в разное время читал спецкурсы «Россия и Тридцатилетняя война», «Опричнина Ивана Грозного», «Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI — первой половине XVII вв.», «Образование Древнерусского государства и его общественный строй», «Государство и церковь в российском Средневековье», «Русское общество и польско-литовская интервенция начала XVII в.», «Новгородское государство в ряду европейских государств», «Православие и католицизм в Европе в эпоху Средневековья» и др.). С 2005 года — заведующий отделом истории Средних веков Института славяноведения РАН.
Один из крупнейших специалистов по истории славянских народов в Средние века, в том числе в области изучения этнического самосознания, формирования славянской государственности и самобытной культуры, истории церкви и международных отношений.
Автор более 250 научных публикаций. Член редакционных коллегий журналов «Византийский временник», «Древняя Русь. Вопросы медиевистики», «Славяноведение» и «Средние века»; ответственный редактор ежегодника «Белоруссия и Украина: история и культура», член российско-польской, российско-литовской и российско-украинской комиссий историков. Являлся председателем экспертного совета РГНФ по отечественной истории до XX века.
Благодарность Президента Российской Федерации (5 февраля 2024 года) — за заслуги в развитии отечественной науки, многолетнюю плодотворную деятельность и в связи с 300-летием со дня основания Российской академии наук[4].
Флоря Б. Н. Сказания о начале славянской письменности. — М.: Наука, 1981.
Флоря Б. Н. Сказания о начале славянской письменности. — Изд. 2-е. — СПб.: Алетейя, 2000. — 384 с. — (Славянская библиотека. Bibliotheca slavica). — 1500 экз. — ISBN 5-89329-328-2.
Флоря Б. Н. Сказания о начале славянской письменности. — Изд. 3-е. — СПб.: Алетейя, 2004.
Пашуто В. Т., Флоря Б. Н., Хорошкевич А. Л. Древнерусское наследие и исторические судьбы восточного славянства / Академия наук СССР. Отделение истории. — М.: Наука, 1982. — 264 с. — (Киевская Русь и исторические судьбы восточных славян: К 1500-летию Киева). — 10 000 экз. (в пер., суперобл.)
Флоря Б. Н. Россия и чешское восстание против Габсбургов / Отв. ред. А. С. Мыльников; АН СССР, Ин-т славяноведения и балканистики. — М.: Наука, 1986. — 208 с.
Флоря Б. Н., Турилов А. А., Иванов С. А. Судьбы Кирилло-Мефодиевской традиции после Кирилла и Мефодия. — СПб.: Алетейя, 2000. — 320 с. — (Славянская библиотека. Bibliotheca slavica). — 1500 экз. — ISBN 5-89329-232-4. (в пер.)
Судьбы славянской письменности после Кирилла и Мефодия: Жития Климента Охридского в культурно-историческом контексте. СПб.: Алетейя, 2000. (Соавторы: С. А. Иванов, А. А. Турилов)[уточнить]
Флоря Б. Н. У истоков религиозного раскола славянского мира (XIII в.). — СПб.: Алетейя, 2004. — 224 с. — (Славянская библиотека. Bibliotheca slavica). — 1200 экз. — ISBN 5-89329-681-8. (в пер.)
Флоря Б. Н. Исследования по истории церкви: Древнерусское и славянское Средневековье. — М.: Церковно-научный центр «Православная энциклопедия», 2007. — 528 с. — 2000 экз. — ISBN 978-5-89572-020-2. (в пер.)
Борживой; Борис и Глеб (Почитание в России — в соавт. с А. В. Назаренко); Борис Феодорович Годунов; Бояре митрополичьи (в соавт. с А. В. Маштафаровым); Брестская уния; Броневский, Мартин (в соавт. с Л. В. Соболевым); Варсонофий, еп. Смоленский // Православная энциклопедия. М., 2003. Т. 6.
Василий II Васильевич Темный; Василий Иоаннович Шуйский; Великая Моравия // Православная энциклопедия. М., 2004. Т. 7. 13
Виленский собор 1509 г.; Витовт; Владимиро-Волынская епархия (XIV — начало XVII в.) // Православная энциклопедия. М., 2004. Т. 8.
Владислав (Ягайло); Владислав IV Ваза // Православная энциклопедия. М., 2005. Т. 9.
Вячеслав (Чешский), св.; Галицкая епархия (XIV — начало XVI в.); Галицкая Русь (конец XIII в. — 1340 г.; Г. Р. в составе Польши); Гедимин // Православная энциклопедия. М., 2005. Т. 10.
Гиакинф, св. // Православная энциклопедия. М., 2006. Т. 11.
Статьи в сборниках и научных журналах
Брестская уния 1596 г. и некоторые вопросы конфессиональных отношений на Украине и в Белоруссии в первой половине XVII века // Славяноведение. 1996. № 2. С. 22–32.
Брестские синоды и Брестская уния // Славяне и их соседи. Вып. 3. Католицизм и православие в средние века. М., 1991. С. 59–75.
Великое княжество Литовское и Рязанская земля в XV в. // Славяне в эпоху феодализма. М., 1978. С. 182-189.
Восточные патриархи и западнорусская церковь // Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI - начале XVII века. Ч. 1. М., 1996. С. 117-130.
Две грамоты Сахиб-Гирея // Славяне и их соседи. Вып. 10. М., 2001. С. 236-240.
Епископы, православная знать и братства: Вопросы о реформе церкви в последних десятилетиях XVI века // Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI - начале XVII века. Ч. 1. М., 1996. С. 95-116.
Иван Грозный — претендент на польскую корону // Исторический архив. 1992. № 1. С. 173-182.
Историческая традиция об общественном строе средневекового Полоцка // Отечественная история. 1995. № 5. С. 110-116.
Киевская митрополития, Россия и казацкое восстание 1625 года // Славяне и их соседи. Вып. 7. М., 1999. С. 143-151.
Кризис организационных структур православной церкви в XVI веке // Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI - начале XVII века. Ч. 1. М., 1996. С. 33-41.
Литва и Русь перед битвой на Куликовом поле // Куликовская битва. М., 1980. С. 142-173.
О «Летописце Быховца» // Источники и историография славянского средневековья: Сб. статей и материалов. М., 1967.
О путях политической централизации Русского государства (на примере Тверской земли) // Общество и государство феодальной России. М., 1975. С. 287-298.
О родовом землевладении князей Трубецких во второй половине XVI - начале XVII века // Архив русской истории. Вып. 7. М., 2002. С. 102-106.
Орда и государства Восточной Европы в середине XV века: (1430—1460) // Славяне и их соседи. Вып. 10. М., 2001. С. 172-196.
Отношение украинского казачества к Речи Посполитой во время казацких восстаний 20-30-х гг. XVII в. и на начальном этапе народно-освободительной войны // Славяноведение. 2002. № 2. С. 36-51.
Подготовка Брестской унии и Ватикан // Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI - начале XVII века. Ч. 1. М., 1996. С. 169-176.
Подготовка Брестской унии и политика духовной и светской власти Речи Посполитой // Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI - начале XVII века. Ч. 1. М., 1996. С. 155-168.
Положение православной и католической церквей в Речи Посполитой: Развитие национально-конфессионального сознания западнорусского православного общества во второй половине XVI века // Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI - начале XVII века. Ч. 1. М., 1996. С. 85-94.
Попытка осуществления церковной унии в Великом княжестве Литовском в последней четверти XV - начале XVI века // Славяне и их соседи. Вып. 7. М., 1999. С. 40-81.
Попытки заключения церковной унии в Великом княжестве Литовском в конце XV в. и Брестская уния // Katolicyzm w Rosji i Prawosławie w Polsce. Warszawa, 1997. S. 77-86.
Послание Иосифа Курцевича князю Григорию Четвертинскому // Славяне и их соседи. Вып. 3. М., 1991. С. 141-151.
Прерогатива Сигизмунда III смоленской шляхте: К истории религиозной нетерпимости в Речи Посполитой первой половины XVII века // Славяне и их соседи. Вып. 7. М., 1999. С. 138-142.
Прокопий Ляпунов и Сигизмунд III // Славянский альманах. 2000. М., 2001. С. 42-51.
Русское государство и русский народ в оценке польских шляхетских публицистов XVI в. // Культурные связи народов Восточной Европы в XVI в.: Проблемы взаимоотношений Польши, России, Украины, Белоруссии и Литвы в эпоху Возрождения. М., 1976.
Русь и «русские» в историко-политической концепции Яна Длугоша // Славяне и их соседи: Этнопсихологические стереотипы в средние века. М., 1990.
Самосознание польской народности в XV веке // Этническое самосознание славян в XV столетии. М., 1995. С. 38-77.
Сведения о землевладениях русских дворян конца XVI - начала XVII века в материалах Литовской Метрики // Русский дипломатарий. Вып. 7. М., 2001. С. 403-414.
Татарские послы на Констанцском соборе // Русское Средневековье: Источники. 2000 – 2001 г. М., 2002.
Три письма о событиях Смуты // Архив русской истории. Вып. 3. М., 1993. С. 161-176.
У истоков конфессионального раскола славянского мира (Древняя Русь и её западные соседи в XIII веке) // Из истории русской культуры. T. 1: Древняя Русь. Pед. А. Кошелев, В. Петрухин. Москва, 2000.
↑Флоря, Борис Николаевич. Русско-польские отношения и "балтийский вопрос" в конце XVI — начале XVII вв.: Автореферат дис. на соискание ученой степени кандидата исторических наук / АН СССР. Ин-т славяноведения и балканистики. — Москва : [б. и.], 1969. — 39 с.
↑Флоря, Борис Николаевич. Русско-польские отношения и политическое развитие Восточной Европы во второй половине XVI — начале XVII вв.: Автореф. дис. на соиск. учён. степ. д-ра ист. наук : (07.00.03). — Москва : [б. и.], 1979. — 37 с.
Флоря Борис Николаевич // Энциклопедический словарь Московского университета: Исторический факультет / Под общ. ред. С. П. Карпова. — М.: Изд-во МГУ; РОССПЭН, 2004. — С. 492—493. — 544 с. — 2000 экз. — ISBN 5-8243-0565-X.
