Село Пироговка расположено на левом берегу рек Десны и Шостки. На расстоянии 1,6 км по автодороге на юго-восток находится село Богдановка, на расстоянии 4,2 км по автодороге на юго-запад находится село Собич, на расстоянии 3,7 км на север расположено село Путивск, которое относится к Черниговской области.
Река в этом месте извилистая, образует лиманы, старицы и заболоченные озёра.
Через село проходит автомобильная дорога (Р-65) и железная дорога (остановочный пункт Пироговка).
История
Вблизи села найдены два поселения эпохи неолита, IV—III тыс. до н. э.
По сведениям 1551 года, на месте нынешней Пироговки существовал починокБерезова Гряда. Неподалёку от него существовал перевоз через Десну, именовавшийся Путивльским[2]. В перечне угодий Новгород-Северского монастыря перевоз упоминается дважды: как межа бортных угодий от Березовой Гряды до села Горбова и как межа рыбной ловли от села Красного, или же от Быстрого ровца, до Путивльского перевоза. Неопределенность данных царской грамоты о месте перевоза привело через 2 столетия к межевым спорам между Спасо-Преображенским монастырем и воронежским сотником Холодовичем, который в 1731 году получил от гетмана Даниила Апостола село Пироговку за верную службу. Монахи претендовали на пироговские леса и половину Пироговки, ссылаясь на монаршую грамоту, по которой перевоз был возле села Пироговка.
По свидетельствам пироговских старожилов, зафиксированным в 1730 году, их село издавна принадлежало Новгород-Северской ратуше, то есть казацкой сотенной старшине. В польских документах на владение шляхтой селами Новгород-Северского округа, образованного в 1635 году село не упоминается, то есть оно возникло после казацкого восстания Хмельницкого. Безусловно, в 1657 году село уже существовало и принадлежало Новгород-Северской ратуше, так как давало немалую прибыль с переправы, да и само название села можно объяснить как поселение переговцев — перевозчиков.
После открытия железнодорожной станции в уездном городе Новгород-Северске в 1902 году, встал вопрос о необходимости соединения ширококолейного подъездного пути Полесских железных дорог с правой стороны реки Десны и такого же пути с левой стороны. Но только в 1916 году через реку Десна был построен железнодорожный мост общим протяжением 265 погонных саженей, по которому с 15 декабря того же года было открыто товарное движение поездов. К сожалению, этот мост просуществовал недолго. Уже в 1919 году 12 его опор были сожжены и арочная ферма длиной 35 погонных саженей опустилась одним концом в воду. В 1924 году ремонт моста был оценен в 480 000 рублей, что являлось огромными деньгами на то время.
И только в 1995 году мост был восстановлен как временный. Тогда же был построен 15-километровый участок железнодорожного пути и таким образом необходимость станции в Пироговке утратила смысл. С вводом в строй нового участка, на который было выделено 200 млрд карбованцев[5], станция, просуществовав 102 года, была закрыта. Её эстафету принял остановочный пункт с таким же названием.