Родился в семье художников, рано потерял мать, а вскоре и отца.
По первой профессии журналист из протестантской семьи, без интереса к религии. В 1930-е годы Томас Мертон познакомился с известной католической деятельницей Екатериной Фёдоровной Дохерти — эмигранткой из России и основательницей католического движения «Дом Мадонны». Он начал свою социальную деятельность в основанном ею «Доме Дружбы» в Гарлеме.
В результате духовных поисков пришёл к католицизму, вскоре после этого принял решение стать монахом. Со временем стал одним из крупнейших католических писателей XX века, популяризатором католицизма.
Знакомился с множеством деятелей и духовных опытов разных религий, в том числе освоил техники буддийской медитации Японии, Шри-Ланки и Тибета. Воспитывал в своих учениках глубокое уважение и интерес к духовному наследию Востока. В качестве влиятельного католического публициста вызвал неудовольствие американских властей после протестов против агрессии США во Вьетнаме. Ему было запрещено публиковать статьи в прессе, и он организовал издание самиздата в монастыре.
Погиб в Бангкоке в результате несчастного случая от удара электрического тока[3].
В России известен главным образом благодаря переводам Андрея Кириленкова (проза) и Регины Дериевой (стихи).
Вандерхилл Э. Мистики XX века.Энциклопедия / Пер. с англ. Д. Гайдук. — М.: МИФ: Локид, 1996. — 522 с. — ISBN 5-87214-023-3.
Оболевич Т. Единство духа. Восточно-христианский исихазм и японский дзэн буддизм в творчестве Томаса Мертона и С. С. Хоружего // Соловьёвские исследования. — Иваново: ИГЭУ, 2017. — Вып. 2(54). — С. 129—143. — ISSN2076-9210.