Деревня Pieni Maniskala упоминается в наиболее старых из сохранившихся церковных регистрационных книгах Колтушского лютеранского прихода начиная с 1745 года[3].
На картах Малое Манушкино стало обозначаться с конца XVIII века, в 1 км к юго-западу Манушкина. Тогда же к названию более старого селения прибавилось определение Большое.
МАНУШКИНА МАЛАЯ — деревня принадлежит ротмистру Александру Чоглокову, жителей по ревизии 43 м. п., 47 ж. п.; (1838 год)[4]
На этнографической карте Санкт-Петербургской губернииП. И. Кёппена 1849 года она упоминается как деревня «Pieni Manuskala», расположенная в ареале расселения савакотов[5]. В пояснительном тексте к этнографической карте указано количество её жителей на 1848 год: савакотов — 46 м. п., 45 ж. п., всего 91 человек, финляндских карелов — 12 м. п., 12 ж. п., всего 24 человека и три русские семьи[6].
МАНУШКИНА МАЛАЯ — деревня г. Чоглокова, 17 дворов, 54 души м. п. (1856 год)[7]
Число жителей деревни по X-ой ревизии 1857 года: 57 м. п., 54 ж. п.[8].
МАНУШКИНО БОЛЬШОЕ И МАЛОЕ — деревня владельческая, при колодцах; 37 дворов, жителей 146 м. п., 155 ж. п.; (1862 год)[9]
Согласно подворной переписи 1882 года в деревне проживали 30 семей, число жителей: 73 м. п., 87 ж. п., лютеране: 59 м. п., 73 ж. п., разряд крестьян — собственники, а также пришлого населения 13 семей, в них: 26 м. п., 21 ж. п., все лютеране[8][10].
МАЛАЯ МАНУШКИНА — бывшая владельческая деревня Колтушской волости, дворов — 30, жителей — 118; лавка. (1885 год)[11].
По данным Материалов по статистике народного хозяйства в Шлиссельбургском уезде 1885 года, 26 крестьянских дворов в деревне (или 87 % всех дворов) занимались молочным животноводством, 3 крестьянских двора (или 10 % всех дворов) выращивали на продажу смородину и яблоки[12][13].
МАЛОЕ МАНУШКИНО — деревня на земле Манушкинского сельского общества, при земской дороге 37 дворов, 127 м. п., 133 ж. п., всего 260 чел. мелочная лавка.
(1896 год)[14]
В конце XIX — начале XX века деревня административно относилась к Колтушской волости 2-го станаШлиссельбургского уезда Санкт-Петербургской губернии. Население деревни было однородным — финским[15].
В конце XX века Большое Манушкино вновь стало просто Манушкином, а деревня Малое Манушкино официально исчезла. Однако фактически от него осталось несколько домов.