Жеребьёвка турнира прошла 22 декабря 2015 года в Парагвае.
На первом этапе 12 команд разыграют в очных матчах шесть путёвок в групповую стадию. Коллективы разбиты на сеяные и несеяные.
Сразу же прошла и жеребьёвка групповой стадии. Шесть победителей первого этапа, а также мексиканские УНАМ и «Толука» составили четвёртую корзину. Участники остальных корзин известны полностью.
6 победителей первого этапа присоединятся к 26 командам, напрямую прошедшим во второй этап. 32 команды будут поделены на 8 групп по 4 команды.
Команды в каждой группе сыграют друг с другом по двух-круговой схеме с матчами дома и в гостях. Каждая команда получит 3 очка за победу, 1 — за ничью и 0 — за поражение. В случае равенства очков победитель определяется по следующим критериям:
Разница забитых и пропущенных мячей;
Количество забитых мячей;
Количество мячей, забитых в гостях;
Жребий.
Две лучшие команды из каждой группы проходят в 1/8 финала.