Колимовирусы

Колимовирусы
Научная классификация
Группа: Вирусы[1] Реалм: Riboviria Царство: Pararnavirae Тип: Artverviricota Класс: Revtraviricetes Порядок: Ortervirales Семейство: Колимовирусы
Международное научное название
Caulimoviridae
Группа по Балтимору
VII: дцДНК-ОТ-вирусы
Систематика в Викивидах Изображения на Викискладе NCBI   186534 EOL   5034

Колимовирусы[2] (лат. Caulimoviridae) — семейство ДНК-содержащих вирусов растений с механизмом обратной транскрипции и двуцепочечной ДНК, то есть вирусов, содержащих стадию обратной транскрипции в своём репликативном цикле.

Структура вирионов

Вирион является простым, без липидной оболочки. Морфология нуклеокапсида представлена 2 основными формами: палочковидной и икосаэдрической. Форма нуклеокапсида зависит от размера вируса. Вирионы палочковидной формы имеют диаметр приблизительно 35—50 нм и могут быть в длину до 900 нм. Икосаэдрический капсид имеет диаметр 45—50 нм и примерно такую же длину.

Структура генома и репликация

Геном данного вируса представляет собой несегментированную линейную или циклическую двуцепочечную ДНК. Размер генома насчитывает приблизительно 6—8 kbs. В зависимости от вируса геном может иметь либо одну открытую рамку считывания (ORF), как например у Petuvirus, или больше восьми как у Soymovirus. Геном данного вирусного семейства кодирует такие белки: обратная транскриптаза, протеаза, структурные белки, а также остальные белки с неизвестными функциями, но так или иначе нужные для репликации вируса.

Репликация происходит как в цитоплазме, так и в ядре клетки-хозяина. Сначала, вирусный геном попадает в цитоплазму. Там он формирует суперскрученную минихромосому. На ней транскибируется мРНК вируса, которая избыточна (потому что в некоторые части генома експресируются дважды). Эта транскибируемая РНК попадает в цитоплазму, где она играет две роли. Она может использоваться либо как шаблон для трансляции вирусных белков, либо подвергаться обратной транскрипции до дцДНК, с помощью вирусной ревертазы. Так как эти вирусы имеют много общего с ретровирусами, их часто объединяют в группу параретровирусов. Однако здесь существует важное различие между ретровирусами и вирусами семейства Caulimoviridae. В отличие от ретровирусов они не интегрируют свой геном в хромосомы, так как их геном не кодирует фермента интегразы

Однако существуют виды семейства колимовирусов, такие как Petunia vein clearing virus, которые изредка (в основном в стрессовых условиях) могут интегрировать свой геном в хозяйственный геном[3]. Обычно такие провирусы часто называют эндогенными параретровирусами (EPRVs).

Классификация

По данным Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV), на март 2016 года в семейство включают 8 родов[4]:

• Род Badnavirus (40 видов)
  • Типовой вид Commelina yellow mottle virus
• Род Caulimovirus (11 видов)
  • Типовой вид Cauliflower mosaic virus
• Род Cavemovirus (2 вида)
  • Типовой вид Cassava vein mosaic virus
• Род Petuvirus (1 вид)
  • Вид Petunia vein clearing virus
• Род Rosadnavirus (1 вид)
  • Вид Rose yellow vein virus
• Род Solendovirus (2 вида)
  • Типовой вид Tobacco vein clearing virus
• Род Soymovirus (4 вида)
  • Типовой вид Soybean chlorotic mottle virus
• Род Tungrovirus (1 вид)
  • Вид Rice tungro bacilliform virus

Вид Rose yellow vein virus имеет необычную организацию генома, которое делает его уникальным видом[5].

Примечания

1. Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
2. Пиневич А. В., Сироткин А. К., Гаврилова О. В., Потехин А. А. Вирусология : учебник. — СПб. : Издательство Санкт-Петербургского университета, 2012. — С. 275. — ISBN 978-5-288-05328-3.
3. Harper G., Hull R., Lockhart B., and Olszewski N. (2002). Viral sequences integrated into plant genomes. Annual Review of Phytopathology 40: 119-136. doi:10.1146/annurev.phyto.40.120301.105642. PMID 12147756.
4. Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV). (Дата обращения: 26 марта 2017).
5. Mollov D., Lockhart B., Zlesak D. C., Olszewski N. (2012). Complete nucleotide sequence of rose yellow vein virus, a member of the family Caulimoviridae having a novel genome organization. Arch Virol.

Ссылки

• Notes on family; Caulimoviridae. Архивная копия от 17 июля 2010 на Wayback Machine
• Livia Stavolone, Antonio Ragozzino, and Thomas Hohn. (2003). Characterization of Cestrum yellow leaf curling virus: a new member of the family Caulimoviridae. Journal of General Virology 84: 3459—3464.
• 14th Swiss Plant Molecular and Cell Biology Conference, March 2005.