Кенасса была построена в XVIII веке, в центре караимской слободки, которая ранее называлась Караимщизной (Karaimszczyzną).
Кенасса в плане имеет форму квадрата, покрыта мансардной крышей польского типа, и венчается прямоугольной башней. Внутри делится на три части: основной зал для мужчин, небольшая прихожая и галерея для женщин, которая покоится на четырех столбах. На восточной стороне расположен гехал (алтарь).
Несколько раз была под угрозой уничтожения, особенно во время пожара в 1794 и 1812 годах, но вскоре была восстановлена, а в 1894—1904 годах усердием газзана Ф. А. Малецкого был осуществлён капитальный ремонт[1]. После окончания Второй мировой войны в течение нескольких десятилетий тракайская кенасса оставалась единственным действующим караимским молитвенным домом в Советском Союзе (после закрытия кенассы в Галиче в середине 60-х годов). При этом службы в ней проводились только по праздникам. Не так давно был проведён ещё один капитальный ремонт.
↑Цитата: «…its cupola was originally surmounted by a shield of David, but the removal of this emblem was ordered someten years ago by the local hakham [i.e. Szapszał] as smacking too much of tradi-tional Judaism. The offending symbol, however, still remains on the iron gate, from which it could hardly be removed without causing a conspicuous blemish…» Опубликовано в: ISRAEL COHEN, Vilna, Philadelphia 1943, pp. 463—464