После смерти в 1918 году сначала дяди, Фридриха II, а потом правившего только пять месяцев отца, герцога Эдуарда, 13 сентября 1918 года Иоахим Эрнст вступил на престол. В силу возраста (ему исполнилось лишь 17 лет) был назначен регент. Им стал другой дядя герцога — принц Ариберт Ангальтский. Однако уже через два месяца, 12 ноября 1918 года в ходе Ноябрьской революции герцог был свергнут, и его дядя подписал акт об отречении. Герцогство было преобразовано в Свободное государство Ангальт.
В годы Второй мировой войны Иоахим Эрнст состоял в НСДАП (с 1 ноября 1939 года)[4]. Согласно «Призывному листу» бывшего правителя Ангальта он был зарегистрирован 21 сентября 1939 года в штабе второго запасного пехотного батальона, который располагался в Хальберштадте[4]. Однако он был арестован криминальной полицией в Берлине[4] и с января по апрель 1944 года содержался в концлагере Дахау, хотя в архиве концлагеря дело герцога отсутствует[5]. После вмешательства шефа ССГенриха Гиммлера Иоахим Эрнст был выпущен на свободу[5] . Содержание в лагере впоследствии позволило заявлять о его преследовании «за антифашистские убеждения[6]». Но Бригитта ван Канн, славист, специализирующаяся на российско-германской проблематике Второй мировой войны и послевоенного времени, считает, что столь кратковременное заключение было связано с тем, что Иоахим Эрнст имел в Дахау категорию «принудительные работы», которую получали лица, совершившие административные или уголовные проступки[5][6].
Группой НКВД СССР 3 сентября 1945 года Иоахим Эрнст Ангальтский был арестован как член фашистской партии и крупный землевладелец, использовавший в ходе войны труд остарбайтеров. После ареста содержался в тюрьме городе Галле[6]. С марта 1946 года находился в спецлагере НКВД, где скончался 18 февраля1947 года[5][6].
Генеральной прокуратурой Российской Федерации были приняты дополнительные меры по выяснению обстоятельств ареста Вашего отца. С учётом результатов проверки и принимая во внимание исключительный характер рассматриваемого дела, в целях восстановления законности, Генеральная прокуратура России в соответствии с действующим уголовно-процессуальным законодательством сочла возможным признать арест и помещение в концлагерь Иоахима Эрнста Герцога фон Ангальта незаконным. В этой связи производство по настоящему делу прекращено за отсутствием в его действиях состава преступления, то есть по реабилитирующим обстоятельствам.
— Справка Генеральной прокуратуры от 10 декабря 1992[6]
Однако Генеральная прокуратура формально не имела на это права[5][7], о чём прокуратура извещала наследников герцога ранее:
С учётом того, что Вы и значительное число иностранных граждан, репрессированных по действовавшим в тот период советским законам, вне территории России не обладают правом на реабилитацию, Генеральной прокуратурой Российской Федерации подготовлено ходатайство в комиссию по реабилитации жертв политических репрессий Верховного Совета Российской Федерации о признании этого права. Как только указанное положение будет закреплено в законодательном порядке, фон Ангальт будет незамедлительно реабилитирован Генеральной прокуратурой Российской Федерации
В 1990-е годы сын и наследник Иоахима Эрнста — Эдуард — добивался наряду с реабилитацией отца возвращения серебряного кубка XVI века и 17 уникальных серебряных скульптур рубежа XVII—XVIII вв. работы аугсбургских мастеров, являвшихся частью фамильной сокровищницы рода Ангальт и находившихся с 1952 года в Эрмитаже[4].
Герцог Иоахим Эрнст был женат дважды. В 1927 году он вступил в брак с Элизабет Штрикродт (Strickrodt) (1903—1971), но пара развелась в 1929 году. Брак был бездетен.
Вторично герцог Иоахим Эрнст женился на Эдите Марвитц (1905—1986) в замке Балленштедт в 1929 году. Во втором браке герцог Иоахим Эрнст имел 5 детей:
Памятная медаль «Древо мира» особого класса с рубинами (Словакия; 11 января 2021, посмертно) — награждён по случаю 120-летия с дня рождения «в пам'ять» как жертва политический репрессий[8].