В 1988 году абхазские футболисты поехали в город Павлодар играть финальные встречи за переход в первую лигу первенства СССР по футболу. В 1989 году «Динамо» выиграло финальную пульку и получило возможность играть в Первой лиге. Однако в том же году команда разделилась по национально-политическому признаку: почти все грузинские футболисты покинули клуб и создали команду «Цхуми», которая стала играть в грузинском чемпионате[2].
В первой лиге первенства СССР «Динамо» играло два года — в 1990 и 1991 годах. Будучи новичками первой лиги, «Динамо» Сухум в 1990 году в 38 матчах одержали 14 побед, 8 игр завершили вничью и 16 проиграли, заняв в итоговой таблице 12 место. В свой дебютный сезон поспешно собранная команда опередила многие опытные клубы, в том числе «Зенит», «Кубань», «Котайк», «Кайрат». Лучшим бомбардиром сезона стал Георгий Чалигава — 12 мячей. В 1990 и 1991 гг. сухумские динамовцы вошли в десятку лучших. Руководил командой в тот период известный российский тренер Олег Долматов.
1992—2009
В январе 1992 года, в связи с распадом СССР, Федерация футбола СССР объявила о новом турнире — чемпионате Содружества независимых государств. Высшая лига чемпионата должна была проходить в двух группах, в состав одной из них было включено сухумское «Динамо»[3]. Однако турнир не состоялся: федерации футбола бывших советских республик предпочли проводить независимые чемпионаты. Как вспоминал впоследствии тогдашний второй тренер Юрий Логуа, «нам не хватало всего лишь недели для того, чтобы сыграть первую игру с командой московского ЦСКА. Но события, происходившие в политике и спорте, дали тот результат, который не позволил нам выступить в чемпионате»[2].
С начала 2000-х годов «Динамо» не могло участвовать в чемпионате: не было ни игроков, ни тренеров. Команда ограничивалась редкими товарищескими играми ветеранов[4].
В 2004 году обсуждалась возможность участия в ЛФЛ России сборной команды Абхазии, которая выступала бы под флагом сухумской сборной[5]. В 2008 году рассматривался вопрос участия клуба в ЛФЛ России «в дивизионе „Юг“ первенства России»[6].
С 2010
В 2010 году клуб возродился усилиями бывших игроков «Динамо», которые играли в союзном первенстве, и при ощутимой поддержке республиканских властей.
«Динамо» (Сухум) преобразована в другую команду, но мы её будем возрождать, потому что это такая же наша история, как и все остальное.Сергей Багапш[7]
Впервые за одиннадцать лет «Динамо» приняло участие в чемпионате Абхазии. Главным тренером стал бывший наставник команды Олег Долматов[8][9]. Возвращение в большой футбол оказалось удачным: были выиграны бронзовые медали чемпионата и завоёван Кубок Абхазии, в финале в дополнительное время обыгран новоиспечённый чемпион страны ФК «Гагра»[10].
Домашним стадионом клуба является Динамо вместимостью 4300 зрителей[16], который также используется для игр сборной Абхазии. В 2016 году на стадионе проходили игры чемпионата мира по футболу ConiFA.
