Джонс был выбран под общим 18-м номером на драфте НБА 2012 года клубом «Хьюстон Рокетс». В своем первом сезоне проводил на паркете 14,5 минут, набирая в среднем 5,5 очков и 3,4 подбора в среднем за игру. В сезоне 2013/14 Джонс стал выходить в стартовой пятёрке «Рокетс», проведя 76 матчей (71 в старте). Джонс набирал 12,1 очка (54,2 % попаданий с игры) и делал 6,9 подборов. 18 января 2014 года в возрасте 22 лет набрал рекордные для себя в НБА 36 очков и сделал 11 подборов в победном матче против «Милуоки Бакс» (114-104).
В начале сезона 2014/15 получил травму, из-за которой пропустил 41 матч регулярного сезона. В сезоне 2015/16 Джонса продолжили преследовать повреждения, в том числе глаза. Всего за сезон он провёл 50 матчей, но только 11 из них в стартовом составе. В среднем Джонс набирал 8,7 очка и делал 4,2 подбора за 20,9 минуты.
Всего за 4 сезона в «Хьюстоне» Джонс сыграл чуть более половины матчей (178 игр в регулярном сезоне из 328).