Родился 24 февраля 1848 года в Ницце. Дворянская линия Вогюэ́, из которой происходил его отец, Жозеф Виктуар Рафаэль, владела в коммуне Сен-Клер близ Анноне замком Гурдан, где Эжен-Мельхиор де Вогюэ провёл свое детство. Мать, Кристина Генриетта Андерсон, принадлежала к шотландской семье, тесно связанной с первым генерал-губернатором Индии, отсюда и имена, которые Уоррен Гастингс приписывает деду, а гораздо позже двоюродному брату Эжена-Мельхиора, будущего британского генерала.
Затем жил в Отейле (1860—1864), в 1864—1865 годах — в Уллене. После продажи замка поселился в Париже. Добровольцем участвовал во Франко-прусской войне, вместе с младшим братом Анри Сен-Сириеном. Оба брата ранены. Тяжело раненный 1 сентября 1870 года младший брат, не выжил и умер 28 января 1871 года. Старший же, взятый в плен, вернулся из Германии 11 марта 1871 года, и после окончания войны поступил на дипломатическую службу в Третьей республике. В разное время был атташе посольства в Османской империи, в Египте, а затем секретарём посольства в Санкт-Петербурге. В Россию он прибыл 10 января 1877 года; служил под началом двух сменявших друг друга послов, генералов Ле Фло и Шанзи.
В качестве секретаря французского посольства провёл в России около семи лет, изучил русский язык и литературу. В 1878 году, 25 января в часовне Зимнего дворца, Эжен-Мельхиор де Вогюэ женился на дочери Николая Николаевича Анненкова, фрейлине Александре Николаевне (1849—1914). От этого брака родилось четыре сына: Рафаэль Эстер Анри — 1 сентября 1879 года в Царском Селе; Раймон Рауль Александр — 22 января 1881 года в Санкт-Петербурге;, Феликс Анри Мари — 3 октября 1882 года в Боброво; Раймон Анриетта Пьер — 21 января 1889 года в Париже.
Выражение «Все мы вышли из гоголевской „Шинели“» принадлежит не Достоевскому, как принято считать, а Эжену-Мельхиору де Вогюэ[2]. Вогюэ употребил его в статье Le Roman russe со ссылкой на некоего человека, увлечённого литературой и сказавшего ему эту фразу[3]. По-французски она звучит так: «Nous sommes tous sortis du Manteau de Gogol»[3].
«Взгляд на историю и литературу» (Regards historiques et littéraires, 1892)
«Часы истории» (Heures d’histoire, 1892)
«Русские сердца» (Cœurs russes, 1893)
«Записки о Ба-Виваренцах» (Notes sur le Bas-Vivarais, 1893)
"В преддверии век"а (Devant le siècle (1896)
«Жан д’Агрэв» (Jean d’Agrève (1897)
«История и поэзия» (Histoire et poésie (1898)
«Мёртвые рассказывают (Сцены парламентской жизни)» (Les morts qui parlent (Scènes de la vie parlementaire), 1899)
«Тени взывают» (Le rappel des ombres, 1900)
«Страницы Истории» (Pages d’Histoire, 1902)
«Хозяин моря» (Le maître de la mer, 1903)
«Ниже горизонта: вчерашние люди и вещи» (Sous l’horizon : hommes et choses d’hier, 1904)
«Максим Горький» (Maxime Gorki, 1905)
«Дороги» (Les Routes, 1910)
«Письма к Арману, графу Анри де Понмартэн» (Lettres à Armand comte Henri de Pontmartin, 1867—1909, 1922)
«Дорожный дневник Париж-Санкт-Петербург» (Journal Paris — Saint-Pétersbourg, 1877—1883, 1932)
Публикации на русском языке
Вогюэ Э. М. де. Современные русские писатели: Толстой — Тургенев — Достоевский = Le Roman russe / пер. с фр. В. П. Бефани. — М.: Изд-во В. Н. Маракуев, 1887. — 73 с.
Вогюэ Э. М. де, Геннекен Э. Граф Л. Н. Толстой. — М.: Тип. А. И. Мамонтова и Ко, 1892. — 163 с.
Вогюэ Э. М. де. Максим Горький как писатель и человек / пер. с фр. А. Н. Ачкасова. — М.: Книжный склад Д. П. Ефимова, 1903. — 82 с.
Трыков В. П. Концепция реализма Эжена-Мельхтора де Вогюэ в контексте споров о реализме в современном литературоведении // Знание. Понимание. Умение. – 2015. ‒ № 4. – С. 233‒244.
Трыков В. П. «Русская душа» в книге Эжена-Мельхиора де Вогюэ «Русский роман» // Россия в литературе Запада: Коллективная монография / Отв. ред. В.П. Трыков. — М.: Московский педагогический государственный университет, 2017. — С. 124-147.
Трыков В. П. Тургеневская традиция в книге Э. М. де Вогюэ «Русские сердца» // Филологические науки. Доклады высшей школы. – 2019. ‒ № 4. – С. 64‒72.
Cadot M. Eugène-Melchior de Vogüé, le héraut du roman russe. Paris: Institut d'études slaves, 1989