Беспанцирные не являются монофилетической кладой. Бесхвостые земноводные произошли от темноспондилов, а безногие и хвостатые земноводные произошли от тонкопозвонковых.
Выводы исследования, проведённого в 2011 году, комбинирующего данные морфологического анализа современных и ископаемых земноводных и молекулярных часов, склоняются ко второй из вышеприведённых гипотез[6].
В 2008 году в нижнепермских отложениях Техаса была найдена окаменелость Gerobatrachus hottoni возрастом в 290 млн лет. Это животное было отнесено к темноспондильным амфибиям, однако оно обладало смесью характеристик, присущих бесхвостым и хвостатым земноводным. Эта находка, по мнению описавших её исследователей, заполнила брешь между мезозойскими бесхвостыми и хвостатыми земноводными и их палеозойскими предками. Она также указывала на то, что хвостатые и бесхвостые земноводные ближе друг к другу, чем к безногим земноводным[7][8].
↑Marjanović D., Laurin M. Fossils, Molecules, Divergence Times, and the Origin of Lissamphibians (англ.) // Syst Biol : journal. — 2007. — Vol. 56, no. 3. — P. 369—388. — doi:10.1080/10635150701397635.
↑Alexander Pyron, R. Divergence Time Estimation Using Fossils as Terminal Taxa and the Origins of Lissamphibia (англ.) // Syst Biol : journal. — 2011. — Vol. 60, no. 4. — P. 466—481. — doi:10.1093/sysbio/syr047.
↑Anderson, Jason S.; Reisz, Robert R.; Scott, Diane; Fröbisch, Nadia B.; Sumida, Stuart S. A stem batrachian from the Early Permian of Texas and the origin of frogs and salamanders (англ.) // Nature : journal. — 2008. — Vol. 453. — P. 515—518. — doi:10.1038/nature06865.