Kim sa alăturat clubului semi-profesional, Gyeongju KHNP, pe 1 iulie 2016 și a participat în Liga Națională a Coreei de la jumătatea sezonului 2016.[5] Kim a jucat 15 meciuri pentru KHNP până la sfârșitul sezonului regulat, conducând echipa sa în play-off.[6]
Jeonbuk Hyundai Motors
Pe 22 decembrie 2016, Kim s-a alăturat clubului din K League, Jeonbuk Hyundai Motors, printr-un transfer gratuit.[7] Managerul Jeonbuk, Choi Kang-hee, și-a exprimat așteptările față de el în timpul cantonamentelor de pre-sezon din Dubai și l-a folosit ca jucător cheie încă de la început.[8]
Beijing Guoan
Pe 29 ianuarie 2019, Kim s-a transferat la Beijing Sinobo Guoan.[9] Cu performanța sa defensivă impresionantă, Kim a continuat să joace un rol esențial în finalul sezonului 2019.
Fenerbahçe
Kim s-a transferat la Fenerbahçe pe 16 august 2021 cu o taxă de transfer de 3 milioane de euro și a semnat un contract pe 4 ani.[10]
Napoli
Pe 27 iulie 2022, Kim a semnat cu clubul din Serie A, Napoli,[11] pentru o sumă raportată de 18,05 milioane de euro,[12] fiind adus pentru a-l înlocui pe Kalidou Koulibaly, care a fost transferat la Chelsea. A fost numit jucătorul lunii septembrie 2022 din Serie A.[13]
^올림픽 대표 출신 김민재 지언학, 실업 리그로 [Kim Min-jae and Ji Eon-hak in South Korea Olympic football team transferred to Gyeongju KHNP in Korea National League] (în coreeană). FootballJournal. . Arhivat din original la . Accesat în .
^„Kim Mi-jae” (în coreeană). Korea National League. Arhivat din original la . Accesat în .
^亞 챔피언 전북, 올대 출신 김민재 등 신인 6명과 계약 [AFC Champions League depending champion Jeonbuk signs six new players including Kim Min-jae] (în coreeană). No Cut News. . Accesat în .