Na temporada de 2019, Michel Araújo obteve destaque pelo Racing no Campeonato Uruguaio, onde fez seis gols e deu quatro assistências em 32 jogos. Com suas boas atuações, chamou a atenção de clubes como Fluminense, Nacional e Peñarol.[5]
Fluminense
No dia 18 de janeiro de 2020, o Fluminense anunciou a contratação de Michel Araújo. O clube carioca pagou 800 mil de dólares (cerca de 3,3 milhões de reais) ao Racing por 50% dos direitos econômicos do jogador, que chegou em definitivo.[6][7][8]
No dia 15 de abril de 2021, fora dos planos do técnico Roger Machado, o Fluminense emprestou Michel Araújo ao Al-Wasl, dos Emirados Árabes, até o fim da temporada.[16][17] Michel Araújo somou 13 gols em 33 jogos na temporada no clube e foi titular absoluto no time do treinador Odair Hellmann, que já treinou Michel Araújo no Fluminense na temporada anterior.[18]
Retorno ao Fluminense
Após o Al-Wasl não exercer a opção de compra do empréstimo de Michel Araújo, em junho de 2022, o jogador retornou ao Fluminense.[19][20][21] Sua reestreia aconteceu no dia 20 de agosto, entrando como substituto em uma vitória em casa por 5–2 sobre o Coritiba, mesmo jogo onde deu duas assistências, pelo Campeonato Brasileiro.[22][23][24] Seu primeiro gol após seu retorno aconteceu no dia 28 de setembro, em uma vitória em casa por 4–0 sobre o Juventude.[25][26]
São Paulo
No dia 30 de março de 2023, o São Paulo anunciou a contratação de Michel Araújo, por um contrato de empréstimo até o final do ano de 2024.[27][28][29] Fez sua estreia no dia 6 de abril, entrando como titular em uma vitória fora de casa por 2–0 sobre o clube argentino Tigre, pela Copa Sul-Americana.[30][31][32]
Seu primeiro gol pelo clube aconteceu no dia 18 de abril, em uma vitória em casa por 2–0 sobre o clube venezuelano Academia Puerto Cabello.[33][34][35]
Em 14 de maio, Michel marcou mais um gol, desta vez contra o Corinthians, no clássico Majestoso, que terminou empatado em 1–1.[36] Após o fim do primeiro tempo, o uruguaio apareceu na entrevista de intervalo reclamando da marcação de pênalti por Bruno Arleu de Araújo a favor do rival, pegando um pequeno gancho do STJD e sendo suspenso por uma partida.[37] No dia 2 de junho, marcou o primeiro gol do Tricolor na derrota por 3–1 sobre o Sport, no agregado em 3–3, nas oitavas da Copa do Brasil.[38] Esse gol levou o time às penalidades, onde o Tricolor se classificou para a próxima fase.[39] Michel foi peça fundamental na conquista da Copa do Brasil, que viria a se tornar a primeira da história do São Paulo. Atuando como um 12º jogador, fez boas partidas vindo do banco.[40]
Em 2024, o meia voltou a levantar um troféu pelo São Paulo em fevereiro de 2024, estando presente na conquista da Supercopa Rei (antiga Supercopa do Brasil).[41]
Michel Araújo foi contratado em definitivo pelo São Paulo no dia 12 de junho, assinando contrato até o fim de 2027.[42]
Encerrou a temporada sem conseguir se firmar e perdeu espaço como titular, com Zubeldía ele fez apenas nove atuações na equipe inicial durante o Brasileirão, além de outros 11 jogos como reserva. Ao fim da temporada deixou o São Paulo, onde atuou em 88 jogos (42 como titular), com quatro gols e cinco assistências.[43]
Bahia
Em 9 de janeiro de 2025, assinou com o Bahia até o fim de 2028.[44]
