Na Primeira Fase, as dez equipes estão divididas em dois grupos regionalizados, jogando em turno e returno dentro de cada um deles independentemente. Os dois melhores colocados de cada grupo disputarão as Semifinais, que serão disputadas em partidas de ida e volta. Os vencedores das Semifinais decidem o título também em partidas de ida e volta. O campeão garante vaga na Copa Verde de 2017. Os dois melhores colocados dentre os participantes da Série A do Capixabão de 2016 estarão classificados para o Torneio Seletivo juntamente com o vice-campeão Espírito Santo e o terceiro colocado Real Noroeste da Série A de 2016. O campeão da Seletiva será o segundo representante capixaba da Série D do Brasileiro de 2017. Em cada partida os clubes deverão obrigatoriamente utilizar, dentre os atletas que constem na súmula, o mínimo de cinco atletas profissionais com idade até 23 anos.[3][4]
Critérios de desempate
Os critérios de desempate serão aplicados na seguinte ordem para cada fase:
O jogo entre Linhares e Sport Linharense válido pelo nona rodada foi cancelado. O Linhares ainda não pagou a multa pelo W.O. sofrido na primeira rodada, por isso a FES suspendeu o clube. O presidente do clube, Adauto Menegussi, alegou problemas financeiros.[6]
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