Rond 1629 was hij gezel in de werkplaats van de Kursächsische Hof-Orgelbouwer Gottfried Fritzsche. Hij huwde de dochter van zijn meester. Niet later dan 1634 begon hij te Lübeck als zelfstandig orgelbouwer. In 1645 kreeg hij een contract om de orgels van alle vijf hoofdkerken: St. Marien, Dom, St. Jakobi, St. Petri en Aegidien te onderhouden. In de St. Jacobi breidde hij het kleine orgel in 1636-1637 uit.
In 1637–1641 veranderde hij het grote orgel van de Marienkirche - hierop speelden later Franz Tunder en Dietrich Buxtehude. De organist Heinrich Scheidemann van Hamburg werd gevraagd om de uitgevoerde aanpassingen te beoordelen. Die was zo onder de indruk dat hij het orgel in zijn St.-Katharinenkirche ook liet aanpassen in 1644-1647.
In 1651-1653 bouwde hij zijn eerste nieuw orgel te Stralsund in het Johanniskloster. Hij hernieuwde daar ook het orgel van de Jakobikirche. Halfweg 1653 kreeg hij een opdracht voor de Marienkirche daar. Het orgel was in 1659 gereed, waarna hij per schip terugvoer naar Lübeck. Hij werd op 25 februari 1660 begraven in de Dom.
Gebouwde orgels
Lübeck, St. Jakobi, kleine orgel, 1636-1637, renovatie door Stellwagen, bewaard en gerestaureerd
Lübeck, St. Marien, grote orgel, 1637-1641, renovatie, vernield tijdens bombardement maart 1942
Mölln, St. Nikolai, 1639-1641, renovatie, gedeeltelijk bewaard
Travemünde, St. Lorenz, 1642-43 nieuw, niet bewaard
Lübeck, St. Petri, grote orgel, 1643-1646, ombouw, niet bewaard
Hamburg, St. Katharinen, 1644-1647, ombouw, niet bewaard
Lübeck, St. Aegidien, 1645-1648, uitbreiding van Scherer-orgel van 1624-25 (orgelkas bewaard), niets van Stellwagen bewaard
Salzwedel, St. Katharinen, 1650, nieuw, niet bewaard
Stralsund, St. Johannis (Kloster), 1651-1653 nieuw, niet bewaard
Lübeck, St. Marien, kleine orgel ("Totentanz-Orgel"), 1653-1655, ombouw, vernield tijdens bombardement maart 1942
Stralsund, St. Marien, 1653-1659, gedeeltelijk bewaard, restauratie 2008
Literatuur
Ibo Ortgies: Friederich Stellwagen In: Ludwig Finscher (Hrsg.): Die Musik in Geschichte und Gegenwart, Verlag Bärenreiter, Kassel 2006.
Ibo Ortgies: Über den Umbau der großen Orgel der Marienkirche zu Lübeck durch Friederich Stellwagen 1637-1641 In: Cleveland Johnson (Hrsg.) : Orphei organi antiqui, Essays in Honor of Harald Vogel, 313–335, Seattle: Westfield Center, 2006.
Evangelische Kirchengemeinde St. Marien Stralsund (Hrsg.): Die Stellwagen-Orgel in Sankt Marien zu Stralsund. Eine Bestandsaufnahme, Chronik und Dokumentation. Öhringen: Verlag Organum Buch, 2006.
Ibo Ortgies: Stellwagen, Friedrich. In: Lexikon der Orgel. Orgelbau–Orgelspiel–Komponisten und ihre Interpreten, hrsg. v. Matthias Geuting u. Hermann J. Busch. Laaber: Laaber-Verlag, 2007: 739.