Neglia kreeg de eerste muziekles van zijn vader, die hem leerde de viool, het piano, de trombone te bespelen en compositieles gaf. Al toen schreef hij eenvoudige stukjes. In 1893 werd hij violist in het orkest van de kathedraal van Enna en op 27 juli van hetzelfde jaar behaalde hij het diploma voor onderwijs. Vervolgens studeerde hij aan het Conservatorio di Musica "Vincenzo Bellini" di Palermo in Palermo, alhoewel hij nog te jong was om in de compositieklas te studeren. Maar de directeur van het conservatorium Guglielmo Zuelli erkende zijn talenten en Neglia kon privé bij Zuelli studeren. Verder werd hij op advies van Zuelli violist in het orkest van het Massimo theater in Palermo.
Nadat hij op 17 december1900 met Marie Dibbern vanuit Duitsland huwde, vertrok het echtpaar naar Hamburg. Aldaar werd hij dirigent van het orkest aan het stedelijk theater. Aanvankelijk was hij als muziekleraar werkzaam, later opende hij een privé-muziekschool onder de naam "Neglia Conservatorium" in de toenmalige Stiftstraat/Hofweg. Hij werd uitgenodigd orkesten in Berlijn, Kiel, Bad-Nauheim en in Frankfurt am Main te dirigeren.
In het gevolg van het begin van de Eerste Wereldoorlog ging hij op 17 september1914 terug naar Italië, maar in zijn bakermat kon hij nooit meer aanknopen aan de successen in Duitsland. Lange tijd werd hij genegeerd. Eerst na het behalen van een opleidingsdiploma aan de universiteit van Palermo kon hij als leraar voor Duits in Caltanissetta en Legnano werken. In Legnano richtte hij het Liceo Musicale "G.Verdi" op.
In zijn nalatenschap vond men vele composities, waaronder ook de partituur van de opera Zelia.
Composities
Werken voor orkest
Symfonieën
1900-1901Prima Sinfonia in Re minore (Symfonie in d mineur)
1910-1912Sinfonia no.2 - Symfonie "De emigrant", voor groot orkest
Tesi di Laurea in Storia della Musica, Francesco Paolo Neglia, compositore e didatta di William Vetri - Università degli Studi di Catania - Laurea in Lettere moderne V.O. - Relatore: Salvatore Enrico Failla - A.A. 2005/2006
Maurizio Agrò: Francesco Paolo Neglia, nella vita e nell'arte. La prima biografia ufficiale, Firenze Libri, Firenze, 2004, pp. 32–37. ISBN 88-7255-234-6
Marino Anesa: Dizionario della musica italiana per banda - Biografie dei compositori e catalogo delle opere dal 1800 a oggi, Seconda edizione riveduta e ampliata: oltre 5000 compositori, in collaborazione con ABBM (Associazione Bande Bergamasche), 2004. 2 volumi, 1204 p.
Marino Anesa: Dizionario della musica italian per banda, Primera edizione, 2 vols., 1993-1997.; 1036 p.; Vol. [1]. Biografie dei compositori e catalogo delle opere dal 1800 al 1945, Bergamo : Biblioteca Civica "Angelo Mai". - 1993. - 515 S.; Vol. [2]. Biografie dei compositori e catalogo delle opere dal 1800 ad oggi., Bergamo : Biblioteca Civica "Angelo Mai". - 1997. - 519 S.
Wolfgang Suppan, Armin Suppan: Das Neue Lexikon des Blasmusikwesens, 4. Auflage, Freiburg-Tiengen, Blasmusikverlag Schulz GmbH, 1994, ISBN 3-923058-07-1
Sante Zaccaria: Musica sacra in Italia dal 1925 al 1975, Padova: G. Zanibon, 1975.