De voor de play-offs van de AFC Champions League 2009 gekwalificeerde clubs Binh Duong FC, Muharraq Club (als winnaar AFC Cup 2008) en Safa SC Beiroet (als finalist van de AFC Cup 2008) mochten niet aan de kwalificatie deelnemen omdat hun land niet aan de gestelde eisen voor deelname voldeden en werden direct naar de AFC Cup 2009 verwezen. Dit heeft als gevolg dat uiteindelijk drie clubs na de kwalificatiewedstrijden voor de AFC Champions League in de AFC Cup zullen deelnemen.