Ten opzichte van de vijf voorgaande edities kende deze editie enkele veranderingen. Er werd voor het eerst een kwalificatie gespeeld. Het hoofdtoernooi (groepsfase) werd van 28 naar 32 clubs uitgebreid. De achtste finale, met daarin de nummers 1 en 2 per groep, was een extra ronde. De finale werd over een wedstrijd gespeeld op neutraal terrein. De winnaar van de vorige editie was niet automatisch geplaatst.
De voor de kwalificatie gekwalificeerde clubs Binh Duong FC (Vietnam), Muharraq Club (Bahrein) en Safa SC Beiroet (Libanon) als finalisten van de AFC Cup 2008 mochten niet aan de kwalificatie deelnemen omdat hun land niet aan de gestelde criteria van de AFC voor deelname voldeden en werden naar de ‘lagere‘ AFC Cup 2009 verwezen. Dit had als gevolg dat er uiteindelijk 35 clubs deelnamen waarvan drie in de kwalificatie werden uitgeschakeld. Deze drie clubs speelden verder in de AFC Cup 2009.
Ten opzichte van 2008 ontbraken clubs uit Irak en Syrië. Clubs uit Koeweit ontbraken vanwege een door de FIFA opgelegde schorsing van dit land en hun clubs voor internationaal voetbal.
Wedstrijden
Kwalificatie
De beide winnaars van de tweede ronde plaatsten zich voor het hoofdtoernooi. De verliezers ging door naar de AFC Cup 2009.
Deze ronde werd in een wedstrijd beslist waarbij de groepswinnaars het thuisrecht kregen toebedeeld. De wedstrijden in de West-Aziatische zone werden op 26 en 27 mei gespeeld, de wedstrijden in de Oost-Aziatische zone op 24 juni.
· 
· 
