Bij de inval van de Vikingen in 886 wordt de Saint-Julien verwoest. Koning Hendrik I schenkt de - nog niet heropgebouwde - kerk in 1045 de kapittel van de Notre-Dame. In 1120 wordt deze weer doorgegeven aan de abdij van Longpont. De monniken van Longpont richten hier een prioraat in, en herstellen het gebouw weer tussen 1170 en 1225: de apsis stamt uit 1175, het middenschip uit de 13e eeuw.
In de periode die daarop volgt speelt de Saint-Julien-le-Pauvre een belangrijke rol in het intellectuele leven van het Quartier Latin. De rectoren van de universiteit van Sorbonne worden hier gekozen, en tot aan de plundering van 1524 vinden hier de vergaderingen van de bekendste universiteit van Parijs plaats.
In 1651 wordt de kerk het Hôtel-Dieu toegewezen. De kerk was toentertijd in dusdanig slechte staat dat ze deels wordt afgebroken en verbouwd. Tijdens de Franse Revolutie wordt het gebouw als zoutopslag gebruikt, om in 1826 in haar oude glorie als godshuis te worden hersteld. Sinds 1889 vinden hier de Grieks-katholieke missen plaats. In 1901 wordt er een wand gebouwd die het koor van het schip scheidt.