Orientations of Proteins in Membranes database

Orientations of Proteins in Membranes

内容
説明	本データベースは脂質二重膜中のタンパク質の空間的配置を提供する。
キャプチャデータ	PDBからのタンパク質構造
生物	All
コンタクト
研究拠点	ミシガン大学薬学部（英語版）
主要引用	PMID 16397007
公開日	2005
アクセス
データフォーマット	修正PDB形式（英語版）
ウェブサイト	http://opm.phar.umich.edu
ダウンロードURL	OPM files
ツール
ウェブ	Server for calculating positions of proteins in membranes
その他
ライセンス	CC-BY 3.0
バージョン	2.0
キュレーション ポリシー	Curated

Orientations of Proteins in Membranes (OPM) databaseは、脂質二重膜に対する膜タンパク質構造の空間的位置を提供する[1][2][3][4]。タンパク質の位置は脂質二重膜の陰溶媒和モデルを使って計算される[5][6]。計算の結果は膜中の膜貫通タンパク質および表在性膜タンパク質（英語版）の空間的配置の実験的な研究に対して検証された[4][7][8][9][10][11][12]。

タンパク質構造は蛋白質構造データバンクから取られる。OPMは膜会合型タンパク質のファミリーおよびスーパーファミリーへの構造的部類、膜トポロジー（英語版）、膜結合状態におけるタンパク質の四次構造、ならびにそれぞれのタンパク質の輸送先の膜の種類も提供する。計算された膜境界をダミー原子として含む座標ファイルがダウンロード可能である。ウェブサイトではJmolを使って膜境界平面付きのタンパク質構造の可視化ができる。

本データベースは膜結合タンパク質の実験的ならびに理論的研究において広く使われた[13][14][15][16][17]。しかしながら、膜結合タンパク質の膜中での空間的配置が3次元構造から計算的に予測できない場合、それらの多くのタンパク質の構造はデータベースに含まれていない。実験から得られた構造がタンパク質の全ての膜アンカーリング部位（両親媒性αヘリックス、露出した非極性残基、あるいは脂質が結合したアミノ酸残基（英語版））を欠いている時にこれがあてはまる[4]。また、本データベースは蛋白質構造データバンクによって主鎖原子のぎあ提供されている低解像度構造も含まない。脂質二重膜中における低解像度タンパク質構造の計算された空間的配置はPDBTM[18]といったその他の情報源で見ることができる。

出典

1. ST NetWatch: Protein Databases review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from Science
2. Lomize, Mikhail A.; Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Mosberg, Henry I. (2006). “OPM: Orientations of Proteins in Membranes database”. Bioinformatics 22 (5): 623–625. doi:10.1093/bioinformatics/btk023. PMID 16397007. http://opm.phar.umich.edu/OPM.pdf. 
3. Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Lomize, Mikhail A.; Mosberg, Henry I. (2006). “Positioning of proteins in membranes: A computational approach”. Protein Science 15 (6): 1318–1333. doi:10.1110/ps.062126106. PMC 2242528. PMID 16731967. http://opm.phar.umich.edu/PPM.pdf. 
4. ^ Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Lomize, Mikhail A.; Mosberg, Henry I. (2007). “The role of hydrophobic interactions in positioning of peripheral proteins in membranes”. BMC Structural Biology 7 (44): 44. doi:10.1186/1472-6807-7-44. PMC 1934363. PMID 17603894. http://opm.phar.umich.edu/PSALM.pdf. 
5. Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). “Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 1. Parameterization of long-range electrostatics and first solvation shell effects”. Journal of Chemical Information and Modeling 51 (4): 918–929. doi:10.1021/ci2000192. PMC 3089899. PMID 21438609. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3089899/. 
6. Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). “Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 2. Energetics of insertion of small molecules, peptides, and proteins in membranes”. Journal of Chemical Information and Modeling 51 (4): 930–946. doi:10.1021/ci200020k. PMC 3091260. PMID 21438606. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091260/. 
7. Malmberg, Nathan J.; Falke, Joseph J. (2005). “Use of EPR power saturation to analyze the membrane-docking geometries of peripheral proteins: applications to C2 domains”. Annu Rev Biophys Biomol Struct 34: 71–90. doi:10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534. PMC 3637887. PMID 15869384. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3637887/. 
8. Spencer, Andrew G.; Thuresson, Elizabeth; Otto, James C.; Song, Inseok; Smith, Tim; DeWitt, David L.; Garavito, R. Michael; Smith, William L. (1999). “The membrane binding domains of prostaglandin endoperoxide H synthases 1 and 2. Peptide mapping and mutational analysis”. J Biol Chem 274 (46): 32936–32942. doi:10.1074/jbc.274.46.32936. PMID 10551860. 
9. Lathrop, Brian; Gadd, Martha; Biltonen, Rodney L.; Rule, Gordon S. (2001). “Changes in Ca^2+ affinity upon activation of Agkistrodon piscivorus piscivorus phospholipase A₂”. Biochemistry 40 (11): 3264–3272. doi:10.1021/bi001901n. PMID 11258945. 
10. Kutateladze, Tatiana; Overduin, Michael (2001). “Structural Mechanism of Endosome Docking by the FYVE Domain”. Science 291 (5509): 1793–1796. Bibcode: 2001Sci...291.1793K. doi:10.1126/science.291.5509.1793. PMID 11230696. 
11. Tatulian, Suren A.; Qin, Shan; Pande, Abhay H.; He, Xiaomei (2005). “Positioning membrane proteins by novel protein engineering and biophysical approaches”. J Mol Biol 351 (5): 939–947. doi:10.1016/j.jmb.2005.06.080. PMID 16055150. https://zenodo.org/record/894918. 
12. Hristova, Kalina; Wimley, William C.; Mishra, Vinod K.; Anantharamiah, G.M.; Segrest, Jere P.; White, Stephen H. (2 July 1999). “An amphipathic α-helix at a membrane interface: a structural study using a novel X-ray diffraction method”. J Mol Biol 290 (1): 99–117. doi:10.1006/jmbi.1999.2840. PMID 10388560. https://semanticscholar.org/paper/ab57690dc0d0728913a5be78e27a7c2b112e7fc8. 
13. Park, Yungki; Helms, Volkhard (2007). “On the derivation of propensity scales for predicting exposed transmembrane residues of helical membrane proteins”. Bioinformatics 23 (6): 701–708. doi:10.1093/bioinformatics/btl653. PMID 17237049. 
14. Marsh, Derek; Jost, Micha; Peggion, Cristina; Toniolo, Claudio (2007). “TOAC spin labels in the backbone of alamethicin: EPR studies in lipid membranes”. Biophys. J. 92 (2): 473–481. Bibcode: 2007BpJ....92..473M. doi:10.1529/biophysj.106.092775. PMC 1751395. PMID 17056731. http://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495(07)70847-0. 
15. Punta, Marco; Forrest, Lucy R.; Bigelow, Henry; Kernytsky, Andrew; Liu, Jinfeng; Rost, Burkhard (2007). “Membrane protein prediction methods”. Methods 41 (4): 460–474. doi:10.1016/j.ymeth.2006.07.026. PMC 1934899. PMID 17367718. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1934899/. 
16. Cherezov, V; Yamashita, E; Liu, W; Zhalnina, M; Cramer, WA; Caffrey, M (8 December 2006). “In Meso Structure of the Cobalamin Transporter, BtuB, at 1.95 Ångstrom Resolution”. J. Mol. Biol. 364 (4): 716–734. doi:10.1016/j.jmb.2006.09.022. PMC 1808586. PMID 17028020. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1808586/. 
17. Páli, Tibor; Bashtovyy, Denys; Marsh, Derek (2006). “Stoichiometry of lipid interactions with transmembrane proteins - Deduced from the 3D structures”. Protein Sci. 15 (5): 1153–1161. doi:10.1110/ps.052021406. PMC 2242517. PMID 16641489. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2242517/. 
18. PDBTM: Protein Data Bank of Transmembrane Proteins