シクイシクエスクスは南アメリカ大陸から産出した最古のインドガビアル上科の動物であり、グリポスクスや他の南アメリカ産インドガビアル上科の属と細かな解剖学的特徴が共通する[2]。その後の研究でもインドガビアル上科に属することが確かめられ、インドガビアル属やグリポスクス、イカノガビアリス(英語版)およびピスコガビアリスと近縁とされている[3][4]。Vélez–Juarbe et al. (2007)は本属をインドガビアル科グリポスクス亜科としたが[3]、Jouve et al. (2008)は特定の科あるいは亜科に分類していない[4]。BrochuとRincónはシクイシクエスクスの化石が海成層から発見されたことを指摘し、旧世界のインドガビアル上科の属との類似性も踏まえ、インドガビアル上科が第三紀の間に海洋の障壁を乗り越えて拡散した証拠としてこれを扱った[2]。
^ abcdBrochu, Christopher A.; Rincón, Ascanio D. (2004). “A gavialoid crocodylian from the Lower Miocene of Venezuela”. Special Papers in Palaeontology71: 61–79.