1844年に、ベルリンの宮廷礼拝堂Koenigliche Hofkapeleの楽長職を務めていたフェリックス・メンデルスゾーンが退任して空席となったため、ニコライが後任に推されたが、彼自身は晩年の1849年に至るまで、ベルリンに生活の拠点を移すことはなかった。ウィーンでは、オペラを作曲する義務もついていた。ニコライは当初、適切な台本を探すのに実に長い時間を費やした。ドイツ語の翻訳という単純な試みとして始まったものは、徹底的な手直しに終わり、その間に音楽の多くが再度作曲された。この形式で、オペラ『追放された男』はウィーンで大成功を収めました。そこでこの作品を聴いたエクトル・ベルリオーズは、ニコライを当時最も重要なオペラ作曲家の一人と考えた。フリードリヒ・ヴィルヘルム4世に捧げられた聖歌と、ケーニヒスベルク大学創立300周年を記念したコラール『神はわがやぐら』をもとにした祝典序曲により、徐々にベルリンとの関係が再び確立された。ニコライは宮廷オペラのテナントであるカルロ・バロチーノとの争いによりウィーンの楽長としての契約が更新されなかったが、1847年に、合唱団Staats- und Domchor Berlinの指揮者およびロイヤル・オペラ・ハウスの楽長に任命された。
La figlia abbandonata (Die verlassene Tochter); Libretto: Stummel, Fragment; Mailand 1837; daraus konzertante Teilaufführung des Quintetts, Mailand 1837
Enrico secondo (Heinrich II), Melodrama, 2 Akte; Libretto: Felice Romani; 1837/38, UA: 26. November 1839 in Triest, Teatro Grande; ursprünglich Rosamonda d’Inghilterra (Rosamund aus England)
Gildippe ed Odoardo (Gildippe ist die Gemahlin von Baron Eduard), Melodrama, 3 Akte; Libretto: Temistocle Solera; UA: 26. Dezember 1840 in Genua, Teatro Regio
Proserpina (Tochter des Jupiters und der Ceres und Gattin des Pluto, der sie in die Unterwelt entführt und zu seiner Gemahlin macht), Oper, 1841, Fragment
Il proscritto (Der Geächtete), 1841, melodramma tragico, 3 Akte, Libretto: Gaetano Rossi; UA: 13. März 1841, Mailand, Teatro alla Scala
交響曲
交響曲第1番 ハ短調
交響曲第2番 ニ長調
管弦楽曲
Weihnachtsouvertüre über den Choral „Vom Himmel hoch“ (1833)
Phantasie mit Bravourvariationen über Norma (Vincenco Bellini) für Klavier und Orchester op. 25
Variations brillantes über Themen aus der Oper „La Sonnambula“ von Bellini in der Bearbeitung für Klarinette und Orchester op. 26
Kirchliche Festouvertüre über den Choral „Ein feste Burg ist unser Gott“ für Orchester, Chor und Orgel op. 31, 1844, UA 1844 im Königsberger Dom unter seiner Leitung, anlässlich des 300-jährigen Gründungsjubiläums der Königsberger Universität.
Ouvertüre zur Oper Il Templario (1839)
Ouvertüre zur Oper Il Proscritto (1841)
Ouvertüre zur Oper Die Heimkehr des Verbannten/Der Verbannte (1843/1849). [Nicht identisch mit der Ouvertüre zum Proscritto]
宗教音楽
Te Deum für acht Solostimmen, achtstimmigen Chor und Orchester (1832; Klavierauszug Berlin 1938)
Messe Nr. 1 D-Dur für vier Solostimmen, vierstimmigen Chor und Orchester (1832; überarbeitet 1844)
Graduale de Beata Vergine „Benedicta et venerabilis“ für Solostimmen und Chor mit Orchester (1834)
Psalmus 54 für zehnstimmigen Doppelchor a cappella [und Orgel] (1834; überarbeitet 1835/1836)
Hymnus in Urbis laudem „O Roma nobilis“ für Männerchor a cappella (1835)
Pater noster für achtstimmigen Chor a cappella, op. 33 (1836, Mainz 1846)
Offertorium in Assumptione Beatae Mariae Virginis „Assumpta est Maria“ für fünf Solostimmen und fünfstimmigen Chor, op. 38 (1846, Wien 1846)
Salve regina für Mezzosopran und Orchester, op. 39 (1846, Wien 1847)
Der 13. Psalm für acht Solostimmen, vierstimmigen Chor a cappella [und Klavier] (1846)
Der 98. Psalm für vier Solostimmen, achtstimmigen Doppelchor und Orchester (1847)
Liturgie Nr. 1 für achtstimmigen Chor a cappella (1847)
Liturgie Nr. 2 für vierstimmigen Chor a cappella (1847)
Der 84. Psalm für achtstimmigen Chor a cappella (1. Fassung) oder Doppelchor, zwei Trompeten, drei Posaunen und Orgel (2. Fassung) (1848)
Der 100. Psalm für achtstimmigen Doppelchor a cappella (1848)
Spruch „Herr, ich habe lieb“ für sechs Solostimmen (1848)
Der 97. Psalm für vierstimmigen Chor a cappella (1848)
Der 31. Psalm für achtstimmigen Chor a cappella (1849)
Ehre sei Gott in der Höhe für achtstimmigen Chor a cappella (Lukas 2,14; aus der Liturgie Nr. 1; F-Dur),
Die Strafe liegt auf ihm für achtstimmigen Chor a cappella (Jesaja 52,5; Schluss des 31. Psalm mit neuem Text; Es-Dur)
Ecce enim Deus für achtstimmigen Chor a cappella (Fragment aus dem Psalmus 54; zuvor auch in einer Bearbeitung für acht Solostimmen erschienen; B-Dur)
合唱曲
Preußens Stimme (K. W. Lange) für Singstimme und Klavier, op. 4 (Berlin 1830; bearbeitet für Solo, vierstimmigen Chor, Militär-Musikcorps und Orchester 1848, Berlin 1849)
Sechs vierstimmige Lieder für Sopran, Alt, Tenor und Bass, op. 6 (Leipzig 1830)
Zwei Kanons für vier Stimmen und Klavier ad libitum, op. 8 (1833)
Verschiedene Empfindungen an einem Platze (Goethe) für Sopran, 2 Tenöre, Bass und Klavier, op. 9 (um 1830, Halle 1832)
Königslieder für vier Männerstimmen, op. 10 (um 1830–1833)
Lied am runden Tisch (Köppen) für zwei vierstimmige Männerchöre (um 1830–1833)
Vier Gesänge für vier Männerstimmen, op. 17 (um 1832)