L'11 settembre 2009 scomparve misteriosamente dalla sua abitazione di Kasukabe.
Le ricerche della polizia di Saitama, sollecitate dai familiari a partire dal giorno successivo alla sparizione, si estesero successivamente ad altre circoscrizioni[3].
Il 19 settembre dello stesso anno venne rinvenuto da un alpinista sul Monte Arafune della prefettura di Gunma il cadavere del mangaka.[4] La certezza dell'identificazione la si ebbe solamente il giorno successivo dopo un'analisi richiesta dai familiari,[1][2] grazie al suo calco dentale ed agli effetti personali rinvenuti nello zaino[5]. Secondo i medici il corpo dell'autore aveva i polmoni collassati, oltre a diverse ferite, ed il decesso sarebbe avvenuto nel pomeriggio dell'11 settembre in seguito a una caduta dalla cima di una scogliera alta circa 100 metri, posto dal quale, prima della morte, Usui ha anche scattato una fotografia.[2][5][6]