«Il nucleo greco-romano è rimasto più o meno delle stesse dimensioni per molti secoli, in età angioina, aragonese e vicereale, come un gioco di scatole cinesi.»
(Daniela Giampaola, archeologa esperta di archeologia napoletana[1])
Partenope, fondata dai cumani nell'VIII secolo a.C., ha lasciato non molte tracce di sé, quali i resti di una necropoli del VII secolo a.C., il tratto di una murazione in piazza del Municipio (probabilmente appartenuta al porto) e vari gruppi di materiali di abitato. Uno dei motivi è la difficile attuazione, a causa delle moderne strutture vigenti nell'area, di ricerche archeologiche sulla collina di Pizzofalcone.
Molto più documentata è invece la Neapolis greca e romana (anche grazie ai relativamente recenti lavori di ampliamento della metropolitana), che annovera molti siti e reperti archeologici (quest'ultimi conservati in vari musei archeologici cittadini, fra tutti il MANN).
Sono di seguito elencati prevalentemente i siti archeologici di epoca classica riferibili alla città ed al circondario legato storicamente ed urbanisticamente ad essa.
Crypta Neapolitana: Ubicata all'interno del parco Vergiliano a Piedigrotta, la crypta sostanzialmente è una galleria scavata nel tufo lunga 711 metri e che rientrava in un piano di lavori dei romani che intesero realizzare in quel periodo diverse infrastrutture militari. Dopo la caduta dell'impero, la galleria non andò in disuso ma fu utilizzata per fini civili in quanto riusciva a collegare agevolmente due zone della città molto distanti tra loro, Mergellina con Fuorigrotta. La galleria subì nei secoli successivi dei lavori di adeguamento che iniziarono nel XV secolo sotto il dominio di Alfonso V d'Aragona e perdurarono fino al regno di Giuseppe Bonaparte quando fece installare all'interno lampade ad olio. Molte sono le leggende che ruotano attorno alla crypta neapolitana, su tutte quella che vuole che sia stato il poeta latino Virgilio, sepolto nei pressi dell'ingresso orientale della galleria, a scavarla.
Decumani di Napoli: Costituiscono le vie più importanti del centro antico di Neapolis. Anche se vengono consuetudinariamente chiamate col termine istituito dai romani decumano, le strade rappresentano quelle che erano nel periodo classico le platieiai. Le suddette vie, che tagliano da ovest a est la città, sono parallele tra loro e sono, da nord a sud, la platieia superiore, la maggiore e quella inferiore. Le stesse vengono tagliate perpendicolarmente da un numero di stenopoi (cardini) che sono stimabili ad un numero variabile che va dai venti ai ventiquattro vicoli. L'intero impianto stradale conserva oggi un numero importante di monumenti, chiese, e siti archeologici, ed inoltre custodisce il cuore del centro storico di Napoli.
Sottosuolo di Napoli: Complesso di cunicoli ed ambienti scavati nel sottosuolo della città, il sottosuolo di Napoli, rappresenta molto probabilmente il sito archeologico più vasto di Napoli (pari al 60% della città sorta in superficie). Risalente all'epoca greca, quando vennero scavati i terreni per estrarre il tufo, la struttura ha poi subito le influenze delle epoche successive diventando prima un acquedotto durante il periodo romano, poi un rifugio per i cittadini napoletani durante la seconda guerra mondiale. Sotto quest'ultimo aspetto, risultano molto suggestive infatti le incisioni e i graffiti dei rifugiati che testimoniavano quotidianamente ciò che accadeva sopra il livello della strada.
Parco archeologico di Posillipo: Il parco si trova sulla collina di Posillipo, fuori dal nucleo antico della città. Offre la possibilità di visitare diversi frammenti archeologici di epoca romana, nonché importanti siti, come: il teatro Odeon, la villa imperiale di Pausylipon, il parco sommerso di Gaiola, il palazzo degli Spiriti e la grotta di Seiano, quest'ultima lunga 770 metri e voluta da Marco Vipsanio Agrippa per collegare le ville di Pausilypon alle zone di Cumae e Puteoli. La villa oggi è di fatto uno dei due ingressi al parco archeologico.
Scavi di San Lorenzo Maggiore: Ubicati sotto il complesso di san Lorenzo Maggiore, gli scavi mostrano i resti del lato commerciale che si sviluppava in quell'area dell'antica agorà greca, corrispondente all'attuale piazza San Gaetano. Il sito, risale al IV secolo a.C. con alcuni innesti del periodo imperiale, è in effetti di recente costituzione essendo i lavori di scavo attuati negli anni '80 e terminati solo agli inizi di quelli '90.
Area archeologica di Ercolano: Ritenuto uno dei siti archeologici più famosi al mondo[7], si tratta di un centro abitato distrutto dall'eruzione del Vesuvio del 79 d.C.. L'antica Ercolano risentì così ampiamente dell'influsso di Neapolis che può essere considerata un suo suburbio[8][9]. Anche la pianta a scacchiera dell'insediamento sembra ricalcalcare fedelmente, in versione ridotta, quella della vicina Neapolis[10]. I suoi tesori e quelli provenienti da tutta l'area vesuviana (facenti parte soprattutto delle collezioni borboniche) sono custoditi nel MANN.
^Campania beni culturali, su campaniabeniculturali.it. URL consultato il 12 dicembre 2011 (archiviato dall'url originale il 19 dicembre 2011).
^Cittametropolitana.na.it. URL consultato il 2 luglio 2018 (archiviato dall'url originale il 2 luglio 2018).
^Suburbio di Neapolis, della quale sembra anche ricalcare il piano urbanistico ortogonale, la cittadina era limitata nell'autonomia culturale; per quanto si sa non vi era una intensa attività manifatturiera, e la comunità presentava i sintomi di una tipica località periferica (Arnold De Vos; Mariette De Vos, Pompei, Ercolano, Stabia, Roma, Editori Laterza, 1982. p.260 ISBN non esistente)
^Scarse sono le scritte elettorali e mancano, almeno nella parte finora scavata, i solchi profondi lasciati dai carri sui lastroni basaltici delle strade dove il traffico è più intenso (e rumoroso, come – già per l’antichità – viene lamentato dai poeti). Tali indizi e il carattere in genere più originale di decorazioni e architetture, hanno destato l’impressione di una città più signorile e raffinata rispetto a Pompei. D'altronde la cittadina sorge nel suburbio di Neapolis e pertanto mostra i tratti tipici di una località periferica a carattere residenziale sotto l'influsso della vicina metropoli (Archeologia Viva n. 178 - luglio/agosto 2016 p.11, alla sezione "visitare Ercolano" di Umberto Pappalardo, archeologo e docente dell'Università degli Studi "Suor Orsola Benincasa")