Pedro è entrato a far parte del settore giovanile del Corinthians all'età di nove anni, inizialmente con la selezione di futsal. Nel marzo 2022 ha firmato il suo primo contratto da professionista con il club Paulista, valido fino al 2025.[2] Nel settembre dello stesso anno è stato aggregato per la prima volta alla prima squadra del club.[3]
Il 5 marzo 2023 ha esordito in prima squadra giocando nel Campionato Paulista contro il Santo André.[4] Il 5 aprile ha prolungato il contratto di un'ulteriore stagione[5] ed il 24 dello stesso mese ha debuttato in Série A contro il Goiás.[6]
Il 5 febbraio 2024 viene acquistato dai russi dello Zenit San Pietroburgo per 9 milioni di Euro; firma un contratto fino al 31 dicembre 2028.[7]