Il parco fa parte della foresta impenetrabile di Bwindi (inglese: "Bwindi Impenetrable Forest") e si estende per un totale di 331 km2, in un'area caratterizzata da foresta tropicale o giungla e zone montuose. Si trova fra il confine con la Repubblica Democratica del Congo (nella zona del parco nazionale dei Virunga) e la Rift Valley. La "foresta impenetrabile" deve il suo nome al fatto che gran parte del territorio è raggiungibile con difficoltà e solo a piedi.
I gorilla del parco, chiamati "gorilla Bwindi", sono divisi in quattro gruppi, di cui tre in completa libertà (chiamati Mubare, Katendegyere e Rushegura) e uno controllato dai progetti di ricerca della comunità scientifica.