Genovese, Assereto fu allievo, fin dai dodici anni, del pittore Luciano Borzone e in seguito di Giovanni Andrea Ansaldo. Fu dotato di uno straordinario stile autonomo già in età molto precoce (a sedici anni dipinge una tela per l'oratorio di S. Antonio in Sarzano) e diviene presto un quotatissimo maestro cittadino con una propria bottega. L'attenzione di Assereto si rivolge soprattutto alla maturità di Bernardo Strozzi che guarda ai modelli milanesi di Cerano, Procaccini e Morazzone e da cui ha modo di attingere spunti per elaborare una convinta visione naturalistica. Dallo Strozzi però si distaccherà però presto, rimanendo fedele a questo suo schietto e severo naturalismo.
Oltre ai grandi maestri del barocco milanese,[1] è riscontrabile anche una certa affinità e una probabile collaborazione con Orazio De Ferrari, già presso la bottega dell'Ansaldo.
Le due volte della basilica della Santissima Annunziata del Vastato, dipinte intorno al 1630, rappresentano il raggiungimento della sua maturità artistica. Nel 1644 viene chiamato a portare a termine l'affresco di Marsia scorticato da Apollo iniziato dal Bottalla in palazzo Negrone, che esegue senza la leggerezza barocca del suo predecessore ma con il suo distintivo tratto concreto e popolare.[2] Nello stesso palazzo Negrone è presente un suo grande dipinto dello stesso soggetto dell'affresco e il suo pendant raffigurante Medea che ringiovanisce Esone.
La presenza del pittore principalmente a Genova ha limitato notevolmente la fortuna critica di Assereto rispetto alla fama di cui hanno potuto godere invece Bernardo Strozzi e il Grechetto. Eppure, nel suo personalissimo stile naturalistico, Gioacchino Assereto può essere considerato a pieno diritto un grande autore del Seicento[3] come giustamente evidenziato nel 1926 dal critico d'arte Roberto Longhi.
L'attività del pittore fu proseguita nella sua bottega dal figlio ed allievo Giuseppe Assereto, conosciuto anche come il Maestro dell'Oratorio di San Giacomo alla Marina.