Venne quindi organizzato un consiglio di guerra per giudicarlo, e il 25 aprile 1794 verrà condannato a morte in contumacia per tradimento, con 22 voti favorevoli, tra cui quelli di Charette e di Stofflet, contro 10 contrari, tra cui quello di Sapinaud.
Marigny nel frattempo aveva continuato da solo a combattere le truppe repubblicane, ma poco dopo cadde malato e si rifugiò nel castello de La Girardière, vicino a Combrand. Verrà poi trovato dagli uomini di Stofflet e fucilato. Il resto del suo esercito raggiunse successivamente Sapinaud, che aveva votato contro l'esecuzione.