In Europa League, il Midtjylland superò ai play-off gli inglesi del Southampton, ottenendo l'accesso alla fase a gironi. Qui finì secondo nel girone vinto dal Napoli, ottenendo l'accesso ai Sedicesimi di finale, dove fu estromesso dalla competizione per mano del Manchester Utd, nonostante la vittoria per 2-1 nella gara di andata.