È nato in una famiglia protestante a Kirchheim unter Teck.[2] Dopo essersi formato come venditore, Gerstenmaier ha conseguito l'Abitur e ha studiato filosofia, lingua e letteratura tedesca e teologia evangelica a Tubinga, Rostock e Zurigo.[3] È stato coinvolto nel movimento cristiano. Negli anni 1933-1934 protestò contro il fascismo della gerarchia ecclesiastica tedesca, per la quale fu arrestato per un breve periodo. Dopo aver difeso la sua dissertazione di dottorato e la preparazione per il lavoro pastorale, dal 1936 ha lavorato nell'ufficio della chiesa del vescovo Theodor Heckel a Berlino.
Poiché capo del giornale ecumenico (a partire dal 1940 ha lavorato come consigliere), anche dopo il 1939 è stato in grado di viaggiare liberamente all'estero. Attraverso Hans Bernd von Haeften e Adam von Trott zu Solz si avvicina al Circolo di Kreisau e inizia a partecipare alle sue opere. Ha anche preso parte al secondo e terzo congresso degli oppositori a Kreisau. Fu coinvolto nei preparativi per il colpo di stato del 20 luglio 1944. Sostenne sempre l'omicidio di Adolf Hitler. Il giorno dell'attacco, ha anche soggiornato nel suo quartier generale nell'allora Bendlerstrasse a Berlino (ora Stauffenbergstrasse). Accusato in seguito del Tribunale del Popolo (Volksgerichtshof) per alto tradimento. Grazie alle connessioni private, è stato in grado di evitare la pena di morte. L'11 gennaio 1945 fu condannato a sette anni di carcere.
Nel dopoguerra
Venne rilasciato dal luogo di isolamento a Bayreuth dalle truppe americane. A partire dal 1948 è stato membro del concistoro evangelico tedesco. Nel 1945 assunse la guida dell'organizzazione protestante a Stoccarda (Hilfswerk der Evangelischen Kirchen in Deutschland). Negli anni 1949-1969, per conto della CDU, è stato deputato al Bundestag.
Dal 1954 al 1969 con un mandato di 14 anni, 2 mesi e 15 giorni, è il presidente di lunga data del Bundestag.
Contemporaneamente dal 1956 al 1969 è stato vicepresidente della CDU. Fu un convinto sostenitore dell'integrazione della Germania con l'Occidente e della costruzione dell'Unione Europea.
Nel 1969 fu severamente criticato per le richieste di risarcimento per danni subiti durante il Terzo Reich, e come risultato si dimise dalle sue posizioni.
Pubblicazioni
The Church Conspiratorial. In: We survived. Hrsg. Eric Boehm. New Haven 1949, S. 172–191.
Reden und Aufsätze. Band 1, Stuttgart 1956.
Reden und Aufsätze. Band 2, Stuttgart 1962.
Der dritte Bundestag. Zum Wahlgesetz und zur Gestalt des künftigen Parlaments. In: Der Wähler. Jg. 1955, Heft 11, S. 495–497.
Öffentliche Meinung und Parlamentarische Entscheidung. In: Karl Dietrich Bracher u. a.: Die moderne Demokratie und ihr Recht. Festschrift für Gerhard Leibholz zum 65. Geburtstag. Tübingen 1966, S. 123–134.
Zukunftserwartungen der Demokratie. In: Bitburger Gespräche. Jahrbuch 1972/73, Trier 1974, S. 41–50.
Gewissensentscheidung im Parlament. In: Deutsches Ärzteblatt. Jg. 1980, Heft 30, S. 1855–1858.
Neuer Nationalismus? Stuttgart 1965.
Deutsche und Juden. (Rede auf dem jüdischen Weltkongress), Frankfurt/Main 1967, S. 96–105.
Konrad Adenauer, Ehrung und Gedenken. Stuttgart 1967.
Streit und Friede hat seine Zeit. Ein Lebensbericht. Frankfurt am Main 1981.
Der 20. Juli im Bendlerblock. In: Streit und Friede hat seine Zeit. Erneut abgedruckt in: Widerstand in Deutschland 1933-1945. Ein historisches Lesebuch. Hrsg. von Peter Steinbach und Johannes Tuchel, München: Beck, 1997, S. 345–349 (Bericht von Eugen Gerstenmaier über seine persönlichen Erlebnisse und Eindrücke am 20. Juli 1944 im Bendlerblock in Berlin, mit Wiedergabe des letzten Wortes von Stauffenberg).
Walter Henkels: 99 Bonner Köpfe, durchgesehene und ergänzte Ausgabe, Fischer-Bücherei, Frankfurt am Main 1965, S. 98f.
Bruno Heck (Hrsg.): Widerstand – Kirche – Staat. Eugen Gerstenmaier zum 70. Geburtstag. Stuttgart 1976.
Hermann Kunst (Hrsg.): Für Freiheit und Recht, Eugen Gerstenmaier zum 60. Geburtstag. Stuttgart 1966 (mit Aufsätzen von Konrad Adenauer, Ludwig Erhard).
Franz Möller: Abgeordnete des Deutschen Bundestages, Aufzeichnungen und Erinnerungen. Band 17. Oldenbourg, 2004, S. 13–67.
Hans Mommsen: Alternative zu Hitler. Studien zur Geschichte des deutschen Widerstandes. Ullstein, München 2000, ISBN 3-548-36288-5.
Zeugen des Jahrhunderts, Eugen Gerstenmaier im Gespräch mit Johannes Gross. Fischer Taschenbuch Verlag, 1982, S. 9–54.
Der christliche Staatsmann ist kein Missionar (22. Juli 1964), Günter Gaus im Interview mit Eugen Gerstenmaier. In: Günter Gaus: Was bleibt, sind Fragen. Die klassischen Interviews. Edition Ost im Verlag Das Neue Berlin, Berlin 2000, ISBN 3-360-01012-4.
Rainer Poeschl: Mit Bibel und Pistole. Eugen Gerstenmaier (1954–1996). Der Präsident mit Amtszeitrekord prägte den parlamentarischen Stil.das-parlament.de Wiederabdruck in: Michael F. Feldkamp (Hrsg.): Der Bundestagspräsident. Amt – Funktion – Person. 17. Wahlperiode, München 2011, S. 101–105.