Nel 1935, con l'avvento del nazismo, Marcus, di famiglia ebrea, fu privato del suo incarico universitario. Nel 1936, assieme alla moglie, si trasferì in Brasile dove gli fu offerto un incarico professore di zoologia all'Università di San Paolo, dove inizio ad occuparsi prevalentemente di biologia marina.[1]
Ernst Marcus, Notizen über einiges Material mariner Bryozoen des Berliner Zoologischen Museums, in Sitzungsberichte der Gesellschaft naturforschender Freunde zu Berlin, vol. 7, 1920, pp. 255–284.
Ernst Marcus, Über die Verbreitung der Meeresbryozoen, in Zoologischer Anzeiger, vol. 53, 9–10, Leipzig, 1921, pp. 205–221.
Ernst Marcus, Hydrostatik bei Meeresbryozoen, in Verhandlungen der Deutschen Zoologischen Gesellschaft, vol. 29, Leipzig, 1923, pp. 39–41.
Ernst Marcus, Zur vergleichenden Embryologie der Bryozoen, in Mitteilungen aus dem Zoologischen Museum in Berlin, vol. 11, n. 1, 1924, pp. 157–166.
Ernst Marcus, Zum Polymorphismus der Bryozoen, in Verhandlungen der Deutschen Zoologischen Gesellschaft, vol. 30, Leipzig, 1925, pp. 152–159.
Ernst Marcus, Sobre alguns phenomenos da vida dos Bryozoarios Marinhos, in Arquivos do Instituto Biológico, São Paulo, vol. 7, 1936, pp. 207–208.
Ernst Marcus, Bryozoarios marinhos brasileiros, in Boletim da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo, Série Zoologia, 1–3, 1937–1939.
Ernst Marcus, Sobre Catenulida Brasileiros, in Boletim da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo, Série Zoologia, vol. 10, 1945, pp. 3–133.
Ernst Marcus, Turbellaria Brasileiros, in Boletim da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo, Série Zoologia, 12–17, 1947–1952.
Ernst Marcus, Opisthobranchia from Brazil, in Boletim da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo, Série Zoologia, vol. 20, 1955, pp. 89–261.