Terzo di quattro figli, fu accettato a 15 anni come novizio della Compagnia di Gesù, a Bagheria, il 10 marzo del 1948. Il 15 agosto del 1967 pronunciò i suoi ultimi voti che l'hanno legato definitivamente alla Compagnia di Gesù[1].
Ispiratore della stagione politica che portò alla primavera palermitana, impegnato nella ricerca scientifica e nella promozione dello sviluppo sociopolitico della Sicilia, negli anni ottanta si schierò a fianco di Leoluca Orlando e contribuì alla nascita di alcuni importanti movimenti politici come Città per l'Uomo e soprattutto La Rete. Successivamente ruppe con Orlando e, dopo una virata sicilianista col movimento Noi Siciliani, passò tra le file del centrodestraberlusconiano[2][3].
Di padre Ennio Pintacuda si ricordano anche le sue numerose battaglie contro la Mafia - per le quali visse per qualche tempo scortato - e l'usura. Da segnalare al tempo stesso la sua parentela col boss di Cosa Nostra Filippo Marrella (suo fratello aveva sposato la figlia di quest'ultimo, capomafia di Prizzi), di cui nell'agosto del 1990 tenne l'orazione funebre[4].