L'Eneco Tour 2006, seconda edizione della corsa, si svolse in sette tappe precedute da un cronoprologo dal 16 al 23 agosto 2006 per un percorso di 1 176 km. Fu vinto dal tedescoStefan Schumacher, che terminò la gara in 27h 20' 55".
La corsa toccò tre Paesi diversi: i Paesi Bassi, il Belgio e la Germania. Il tracciato non presentava salite dure, quindi la classifica finale si decise nelle due corse a cronometro e grazie agli abbuoni. Le due frazioni contro il tempo, corse su brevi distanze, terminarono con distacchi di piccola entità, colmabili con gli abbuoni dei traguardi di tappa.
Alla corsa furono iscritti complessivamente 180 corridori: 8 per ciascuna squadra, ad eccezione di Team Gerolsteiner e AG2R Prévoyance, che ne schierarono 7, e Lampre-Fondital (6). Hervé Duclos-Lasalle e Christophe Riblon non partirono alla prima tappa ma furono lo stesso considerati ritirati. Conclusero la corsa 101 ciclisti (56% del totale dei partenti).
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