Dal 1849 al 1860 iniziò un periodo di grande attività scientifica occupandosi, fra altri argomenti, anche di medicina sociale, suggerendo provvedimenti per diminuire il numero dei rachitici e degli scrofolosi sottolineando l'importanza degli stabilimenti balneari marini.
Busto di Carlo Burci
Nel 1860 fu nominato clinico chirurgo alla scuola fiorentina; ma nel 1868, a causa di una ferita alla mano, fu costretto a lasciare l'incarico.
Massone, iniziato il 15 giugno 1861 nella loggia Concordia di Firenze[1], fu membro della loggia di LivornoGaribaldi del Grande Oriente d'Italia, della quale fu il deputato all'Assemblea generale del 1863 a Firenze[2]. Dette le dimissioni dalla loggia Concordia il 15 ottobre 1865[3], dopo che l'8 ottobre dello stesso anno fu nominato senatore del Regno d'Italia. Nel 1871 fu eletto presidente del Consiglio superiore di sanità, dedicandosi alla riforma del Codice sanitario.
Morì a Firenze il 4 febbraio 1875 a causa di tubercolosi polmonare e venne sepolto nel cimitero della Ven. Arciconfraternita della Misericordia, il Camposanto dei Pinti.[4]
Il fratello Emilio donò la biblioteca e le carte ereditate all'Arcispedale di Santa Maria Nuova[5]. Nel 1937, il materiale è confluito nel fondo antico della Biblioteca biomedica dell'Università degli studi di Firenze. Il fondo archivistico Carlo Burci[6]. costituito da 241 unità archivistiche[7], contiene, tra gli altri, manoscritti e appunti relativi all'attività di Carlo Burci come chirurgo e docente a Firenze e Pisa, carte relative alla stesura di un nuovo codice sanitario del Regno d'Italia, frammenti della sua traduzione dell'opera di Antonio Benivieni sulle cause e relativi rimedi di alcune malattie, notizie sul colera a Pisa del 1854. Sono state individuate tracce di ordinamento da parte dalla bibliotecaria Emilia Franceschini risalente al 1919[8].
^Fulvio Conti, Firenze massonica. Il libro matricola della Loggia Concordia (1861-1921) , Ed. Polistampa, Firenze, 2012, p. 15.
^Aldo Alessandro Mola, Storia della Massoneria in Italia dal 1717 al 2018, Bompiani-Giunti, Milano-Firenze, 2018, p. 771.
^Fulvio Conti, Firenze massonica. Il libro matricola della Loggia Concordia (1861-1921) , Ed. Polistampa, Firenze, 2012, p. 74, n. 9.
^ Alessandro Panajia, Una città silenziosa. Storie di vita e di morte dei Fratelli della Misericordia, sepolti nel Cimitero monumentale fiorentino dei "Pinti", Edizioni ETS, Pisa, 2015, pp. 45-47.
^ASFI, S. Maria Nuova, Affari spediti 1875, n. 132
Ugo Stefanutti, Quattro figure significative della medicina del passato : curriculum e pubblicazioni, Venezia, Giornale veneto di scienze mediche, 1959
