Dopo che, nel 1272, il matrimonio era stato concordato tra suo fratello, il re di Francia, Filippo III l'Ardito ed il membro de un ramo minore dei Capetingi, il duca di Borgogna e re titolare di Tessalonica, Roberto II di Borgogna[6] (1248-1306), Agnese, verso il 1274, contrasse matrimonio Roberto II di Borgogna[6] che, come ci viene confermato nel testamento del padre del 1272, era il figlio quintogenito ed anche ultimogenito del Duca di Borgogna ed in seguito re titolare di Tessalonica, Ugo IV di Borgogna[7] e della prima moglie, Iolanda di Dreux[8], che, come ci viene confermato dalla Chronica Albrici Monachi Trium Fontium, era figlia del conte di Dreux e di Braine, Roberto III[9] e della moglie (come ci viene confermato dal documento n° LXXIX del Cartulaire du comté de Ponthieu[10]), Eleonora, signora di Saint-Valéry, come appendiamo dalla Histoire généalogique des ducs de Bourgogne de la maison de France[11].
Tra il 1279 ed il 1280, suo marito, Roberto II stipulò con il Conte di Borgogna, Ottone IV un contratto di matrimonio per il loro figlio primogenito ed erede, Giovanni, di pochi mesi, con la figlia primogenita ed erede di Ottone IV, Alice[12], con la prospettiva di riunire contea e ducato; però il piano non poté essere portato a termine, poiché Giovanni di Borgogna, dopo pochi anni morì e poco dopo morì anche Alice di Borgogna[13].
Suo marito, Roberto II, fu incaricato di importanti missioni dai re di Francia, Filippo l'Ardito e Filippo il Bello. Quest'ultimo lo scelse per una delicata missione a Roma, per cui Roberto II fece testamento, nominando suo successore il figlio, Ugo e affidando la reggenza alla moglie, Agnese, sinché Ugo non avesse raggiunto la maggior età[14].
Nel 1306 Agnese rimase vedova; infatti, dopo che, l'anno prima, si era ammalato[15], Roberto II morì il 21 marzo 1306 lasciando erede il figlio Ugo V, sotto la tutela della madre, Agnese di Francia[14]; secondo il Continuatio Chronici Guillelmi de Nangiaco, Roberto II morì nel 1305[16], mentre secondo l'epitaffio nell'Abbazia di Cîteaux, era morto nel 1309[15]. Agnese tenne la reggenza sino al 9 novembre 1311, come ci viene confermato dalla Histoire des ducs de Bourgogne de la race capétienne, vol. VII[17] e, dopo che il figlio, Ugo V, resse il governo in prima persona, Agnese gli rimase accanto, come consigliera, anche se era già ammalata[17].
Nel 1314 la figlia Margherita, moglie, secondo la Histoire des ducs de Bourgogne de la race capétienne, vol. VI, dell'erede al trono di Francia, Luigi, detto il Testardo o l'Attaccabrighe, futuro re di Francia con il nome di Luigi X[18], figlio del re di Francia e di Navarra, Filippo IV, detto il Bello, venne incarcerata per ordine del suocero con l'accusa di adulterio e dato che nel successivo processo fu ritenuta responsabile di adulterio[18] con il cavaliere normanno Philippe d'Aunay fin dal 1311, fu ripudiata, nel 1315[18].
Dopo la morte di Ugo V, nel 1315, fu consigliera dell'altro figlio, il nuovo duca di Borgogna, Oddone IV e, che a causa dell'adulterio di Margherita, anche la legittimità della figlia di Margherita, Giovanna, fu messa in discussione Agnese, affiancata dal figlio, il duca Oddone, si batté, specialmente dopo la morte della figlia Margherita (1315), perché i diritti della nipotina Giovanna di diventare regina sia di Francia che di Navarra, fossero garantiti[19]. Alla morte del padre di Giovanna, Luigi X, (5 giugno 1316), il fratello, e zio di Giovanna, Filippo il Lungo, conte di Poitiers, fu prima nominato reggente e poi eletto re, privando Giovanna dei suoi diritti[19]. Agnese, affiancata da Oddone IV, sollecitò inutilmente l'appoggio dei feudatari di Borgogna, Fiandre e Artois, per difendere i diritti della piccola Giovanna, in quanto fu sancito che una donna non può accedere al trono di Francia[19].
Nel 1322, alla morte di Filippo V il Lungo, privo eredi maschi, continuando a trascurare i diritti di Giovanna, gli succedette, sia sul trono di Francia che su quello di Navarra, il fratello Carlo IV il Bello[19].
Nel 1325, il 19 dicembre, Agnese morì a Lantenay e fu sepolta accanto al marito nell'Abbazia di Cîteaux[20]; tre anni dopo, nel 1328, alla morte di Carlo IV il Bello, Giovanna riuscì ad ottenere il regno di Navarra[21], anche grazie all'appoggio che la nonna le aveva dato negli ultimi dodici anni.
Figli
Agnese diede al marito Roberto dieci figli:
Margherita (prima del 1279 - † bambina), secondo la Histoire des ducs de Bourgogne de la race capétienne, vol. VI era la primogenita e morì giovane[18];
Giovanni (1279 - † 1283), fidanzato ad Alice di Borgogna[12], morto ancora bambino[13];
Hilda Johnstone, "Francia: gli ultimi Capetingi", cap. XV, vol. VI (Declino dell'impero e del papato e sviluppo degli stati nazionali) della Storia del Mondo Medievale, 1999, pp. 569–607.
Hilda Johnstone, "Francia. La guerra dei cent'anni (fino al 1380)", cap. XVI, vol. VI (Declino dell'impero e del papato e sviluppo degli stati nazionali) della Storia del Mondo Medievale, 1999, pp. 608–641.