Modern képzőművészeti stílusok iránt érdeklődő baráti társaság (Bak Imre, Nádler István, Deim Pál) alakult ki Molnár Sándor körül, velük 1958-ban lakásán megalakította a Zuglói Kört. A baráti kör elméleti és festői tanulmányokat folytatott, egymás munkáit elemezték. Molnár Sándor elméleti és módszertani tanulmányt írt a festői elemek analíziséről 1962-ben.
Már főiskolás korától kezdve érdekelte nemcsak maga a festészet, hanem a festészetelméleti kérdések is. Az 1950-es évek végén ún. önfejlesztő programot dolgozott ki, melynek fő célkitűzései a következők voltak:
Festői gyakorlat által megérteni a korszerű művészeti törekvéseket.
A kortárs egyetemes festőművészet nagy alkotóinak írásait megszerezni és lefordítani.
Az 1960-as évek második felében monokróm festményeinek sorozatát festette, e festményeinek Kmetty az Unikolor nevet adta. Színfolyamatokkal próbált téri mélység érzetet kelteni, ezekkel a képeivel szerepelt az Iparterv első tárlatán (1968).
1969-ben kidolgozta a festőjógát, s alkalmazta Hamvas Bélának a hazai táj géniuszáról vallott elméletét, s monokróm, a festő által üresnek nevezett képeit felváltották a természeti látványokat geometrikus szerkezetbe transzponáló képek, ekkor készítette Principium-sorozatát, melyet a Föld elemmel azonosított, Föld képeit 1977-ig festette.
1978—80 között nem használt festéket, a francia Supports/Surfaces csoport hatása alatt képeinek kereten belüli részét kötelekkel, vásznakkal, lécekkel töltötte be, s formázta képpé. 1980-tól a vízművelet korszak következett, de az 1980-as évek közepén már egyre több jelentéssel felruházott alakzat és motívum jelent meg képein, hamarosan jött a tűz-elem is.
Képein a lélek megtisztítását, majd a belső erőkkel folytatott küzdelmet ábrázolta valóságos lángnyelvek lobogásával. A Tumo-sorozat (tumo a lélek tüze, a jógik próbatétele a tibeti misztikában) ívelt át a tűz korszakon. A tűz motívum második korszaka a redukció, a féktelenül lobogó láng (szenvedély) helyett letisztult, kivilágosodó formák jelentek meg, a tűz motívum harmadik szakasza a szublimáció, a tűz csendes hamvadásának szerkezete.
A művész tűzkorszakában jelentős plasztikai kollekciót hozott létre. Szobraiba talált tárgyakat épített be: csontot, gipszet, műbőrt, szivacsot, mindezeket műbőr bevonat segítségével formázta egy-egy egységes alkotássá.
1986 • Molnár Sándor rajzkiállítása, Óbudai Galéria-Francia Intézet, Budapest (kat.)
1990 • Molnár Sándor szoborkiállítása, Óbudai Művelődési Központ (kat.)
1991 • Portrék, No5 Galéria, Budapest
1993 • Molnár Sándor festőművész akadémiai székfoglaló kiállítása, Óbudai Társaskör Galéria, Budapest
1994 • Vigadó Galéria, Budapest • Magyar Akadémia, Róma
1997 • Műcsarnok, Budapest (kat.)
1998 • Szinyei Szalon, Budapest
2006 • Sunjata (üresség), Budapest Galéria, Budapest.
Válogatott csoportos kiállítások
1968 • Stúdió '58-68, Műcsarnok, Budapest • Iparterv I., IPARTERV, Budapest
1969 • In memoriam Kassák, Kossuth Lajos Tudományegyetem, Debrecen • Iparterv II., IPARTERV, Budapest • Kortársaink – Nemzetközi grafikai kiállítás, Fészek Klub, Budapest
1970 • Stúdió '70, Ernst Múzeum, Budapest • R-kiállítás, R-épület, Budapesti Műszaki Egyetem, Budapest
1971 • Új művek, Műcsarnok, Budapest • Kápolnatárlat, Balatonboglár • Variációk egy motívumra, Kossuth Lajos Tudományegyetem, Debrecen • Stúdió '71, Ernst Múzeum, Budapest
1973 • Kopernikusz-kiállítás, Budapesti Műszaki Egyetem, Budapest • Kápolnatárlat, Balatonboglár
1975 • I. Hortobágyi Művésztelep, Debrecen
1976 • Tér-jel-forma, Vegyipari Egyetem, Veszprém
1978 • Festészet '77, Műcsarnok, Budapest
1979 • Begegung mit zeitgnössischer Kunst aus Ungarn, Galerie in der Rostockvilla, Klosterneuburg (A)
1980 • Rajzkiállítás, Magyar Nemzeti Galéria, Budapest • IPARTERV 1968-1980, Iparterv, Budapest • Tendenciák 1970-1980, 1., Új művészet 1970-ben, Óbuda Galéria, Budapest
1981 • Festészet, Budapesti Történeti Múzeum, Budapest • Nyitás II., Fészek Galéria, Budapest • Tisztelet Picassónak, Óbuda Galéria, Budapest
1982 • Térbeli festészet, színes szobrászat, Józsefvárosi Kiállítóterem, Budapest • Egoland Art, Fészek Galéria, Budapest • Országos Képzőművészeti Kiállítás, Műcsarnok, Budapest
1983 • Grands et Jeunes d'Aujourd'hui, Grand Palais, Párizs • Mai magyar grafika és rajzművészet, Magyar Nemzeti Galéria, Budapest • Új művészetért, Móra Ferenc Múzeum, Szeged • 17. B. de São Paulo, São Paulo
1984 • Bak-Birkás-Molnár-Szirtes • Festmények és rajzok, Pécsi Galéria, Pécs • Eklektika '85, Magyar Nemzeti Galéria, Budapest
1990 • Budapesti műtermek, Magyar Nemzeti Galéria, Budapest • Budapest Galéria, Budapest
1991 • Hatvanas évek. Új törekvések a magyar képzőművészetben, Magyar Nemzeti Galéria, Budapest • Kortárs magyar művészet. Grafika, rajz, érem, Kupferstich-Kabinett der Staatlichen Kunstsammlungen, Drezda • Kortárs művészet. Válogatás a Ludwig Múzeum és a Magyar Nemzeti Galéria gyűjteményéből, Magyar Nemzeti Galéria, Budapest • Zuglói Kör 1958-1969, No. 5 Galéria, Budapest • A gondolat formái I., Óbudai Társaskör Galéria és Óbudai Pincegaléria, Budapest • Hungarica, a 80-as évek művészete, M. di Roma, Róma
1994 • Új szerzemények, Janus Pannonius Múzeum, Pécs • 80-as évek – Képzőművészet, Ernst Múzeum, Budapest
1995 • 1. Nemzetközi Akvarell Biennálé, Kamnik (SL) • Magyar Vízfestők Társasága kiállítása, MHB IMMO Art. Galéria, Budapest
1996 • Szegmensek, Vigadó Galéria, Budapest
1997 • Magyar Szalon '97, Műcsarnok, Budapest • Olaj/Vászon, Műcsarnok, Budapest • Hamvas Béla és a képzőművészet, Szentendrei Képtár, Szentendre.
Művek közgyűjteményekben
Janus Pannonius Múzeum, Pécs
Kupferstich-Kabinett der Staalichen Kunstsammlungen, Drezda
Megyei Könyvtár, Békéscsaba
Magyar Nemzeti Galéria, Budapest
Petőfi Irodalmi Múzeum, Budapest
Szombathelyi Képtár, Szombathely
Szépművészeti Múzeum, Budapest
Írásai
Számos művészetelméleti írást és művészetkritikát publikált az Új Művészet hasábjain az 1990-es években.
Ars poetica (A tiszta űr kiállítás leporellójában, Budapest, 1968)
Hatások, utazások, találkozások – Ars poetica (az IPARTERV 68-80 kat., Budapest, 1980)
"A halál utáni világ felé..." Arshile Gorky kiállítása Bécsben, Új Művészet, 1991/7.
A logika és a metafizika kettős világossága. Gondolatok a Seurat-kiállítás kapcsán, Új Művészet, 1992/3.
Festőjóga, Új Művészet, 1994/4.
Szellemi energia és művészet. Csontváry-kiállítás a Nemzeti Galériában, Új Művészet, 1994/12.
A telített üresség. Szenes Árpád és Vicra da Silva a portugál gyűjteményekben, Új Művészet, 1994/11.
Vitorlás fekete lobogókkal. Emlékezés Martyn Ferencre, Új Művészet, 1996/8.
"Nemzetközi akadémizmus" Kelet-Európában. Lengyel kiállítások Budapesten, Új Művészet, 1997/5-6.
A lélek fekete madarai. Emlékezés Bán Bélára, Új Művészet, 1999/5.
Az időtlenség kulcsa. Lossonczy Tamás köszöntése, Új Művészet, 1999/10.
Mester és tanítvány (In. Darabos Pál – Molnár Márton (szerk.): In memoriam Hamvas Béla, Hamvas Béla Kultúrakutató Intézet, 2002, 142-226. p.)
A festészet tanítása / Molnár Sándor. Budapest : M. Képzőműv. Egy., 2008. 290 p. : ill., részben színes ISBN 978-963-9656-94-9
Kristályképek, 1994-2002 : Ernst Múzeum, Budapest, 2003. november 5-23. : Szinyei Szalon, Budapest, 2003. november 18 – december 5. / Molnár Sándor ; [a kiállítást rend. ... Boros Lili ..., Sinkovits Péter ...] ; [a katalógust szerk. ... Boros Lili, Lajta Gábor]. [Budapest] : [Ernst Múz.] : [Szinyei Szalon], [2003] 80 p. : ill., színes (Magyar és francia nyelven) ISBN 963-86419-4-0
Passuth Krisztina: Tumo, képben-rajzban. Új Művészet, 1994/6. sz.
Sinkovits Péter: Az impressziótól a metamorfózisig. Beszélgetés Molnár Sándorral. Művészet, 1986/. sz.
Sinkovits Péter: Következetes szemléletváltások. Molnár Sándor tűzképeiről. Művészet, 1988/5. sz.