Berizzo 1988-ban kezdte pályafutását a Newell’s Old Boysban. Két évvel később a mexikói Club Atlashoz igazolt, innen tért vissza 1996-ban hazájába, a River Plate-hez. A Buenos Aires-i klubbal kétszer nyerte meg a Clausurát, egyszer pedig az Aperturát, teljesítményével pedig felhívta magára a francia Olympique de Marseille figyelmét.[1][2] Itt nem jutott sok játéklehetőséghez, 2000 januárjában kölcsönben visszakerült a River plate-hez.
Itt is csak fél évet töltött, a téli átigazolási időszakban a spanyol Celta Vigo igazolta le.[3] A galíciai csapatnál meghatározó játékossá vált. első fél szezonjában tizenhét bajnokin játszott a hatodik helyen végző csapatban, míg első teljes idényében huszonhétszer lépett pályára és két gólt szerzett, hozzásegítve a Celtát, hogy története során először a Bajnokok Ligájában indulhasson.
A 2003-04-es szezonban Berizzót négyszer is kiállították, csapata pedig kiesett a másodosztályba, igaz bemutatkozhatott az európai kupaporondon, ahol ötször lépett pályára. 2005 júniusában lejárt a szerződése,[4] de maradt Spanyolországban és a Cádiz csapatához írt alá.[5] Itt mindössze tizennégy bajnokin játszott, a Cádiz pedig szintén kiesett a bajnokság végén, így Berizzo bejelentette visszavonulását.
2007 júliusában Berizzo Marcelo Bielsa segítője lett a chilei válogatott mellett.[7] 2011-ben a O'Higgins vezetőedzője lett, és első idényében bajnoki második helyezést ért el, miután a döntőt elveszítették a Club Universidad de Chile csapata ellen.[8] 2013. december 10-én megnyerte klubjával az Aperturát, ami a klub elő sikere volt 58 éves története során.[9]
2014. május 19-én a Celta Vigo vezetőedzője lett a Barcelonához távozó Luis Enrique utódjául.[10] Három idényen át irányította a csapatot, utolsó szezonjában a Spanyol Kupában és az Európa-ligában is a legjobb négy közé vezette a Celtát.[11]
2017. május 27-én a Sevilla élére nevezték ki.[12] November 22-én a klub bejelentette, hogy prosztatarákot diagnosztizáltak nála; majd egy hónap múlva menesztették.[13]
2018. május 31-én az Athletic Club vezetőedzője lett.[14] A csapatnak nem sikerült jól a szezon első fele, decemberben a Bilbao a kiesőzónában szerepelt, ezért Berizzo szerződését a klub december 4-én felbontotta.[15]
2019-ben lett a paraguay-i válogatott szövetségi kapitánya.[16] 2021 október közepén, a vb-selejtezőn Bolíviától elszenvedett vereség után a szövetség felmondta a szerződését.[17]
A homoszexualitásra tett megjegyzései
Röviddel a Marseille elhagyása után Berizzo felszólalt az állítólagosan Franciaországban tapasztalt homoszexualitás ellen :
„"Egy csomó fagott ember és sok homoszexuális játékos van Franciaországban, akik mindig provokálnak, van, hogy megérintik a combjaidat is. A homoszexuálisok ugyanazt a zuhanyzót használják és vágytól és érzelmektől bámulják a meztelen testedet."”
2017 októberében prosztatarákot diagnosztizáltak nála az orvosok,[20] amivel még a hónap végén megműtötték.[21] A Sevilla, bár biztosította támogatásáról, a nem megfelelő eredmények miatt december 22-én menesztette Berizzót.[22]
