A mérkőzések oda-visszavágós rendszerben zajlottak. A két találkozó végén az összesítésben jobbnak bizonyuló csapat jutott tovább a következő körbe. Ha az összesítésnél az eredmény döntetlen volt, akkor az idegenben több gólt szerző csapat jutott tovább. Amennyiben az idegenben lőtt gólok száma is azonos volt, akkor 30 perces hosszabbításra került sor a visszavágó rendes játékidejének lejárta után. Ha a 2×15 perces hosszabbításban gólt/gólokat szerzett mindkét együttes, és az összesített állás egyenlő volt, akkor a vendég csapat jutott tovább idegenben szerzett góllal/gólokkal. Gólnélküli hosszabbítás esetén büntetőpárbajra került sor.
A selejtezőkben az alábbi 54 csapat vett részt (39 bajnok illetve 15 bajnoki helyezés alapján résztvevő). A rájátszásból összesen 10 együttes kvalifikálta magát a csoportkörbe, ahol a korábban kiemelt 22 csapattal együtt alakult ki a teljes mezőny.
Törökország (TUR): A Török Labdarúgó-szövetség a 2011. augusztus 24-én hozott döntése szerint nem indítja a Fenerbahçe csapatát a bajnokok ligájában, mert a klub érintett egy bundabotrányban. Helyette a Trabzonspor indul a csoportkörben.[1]
1. selejtezőkör
Az első selejtezőkörben az alábbi 4 bajnokcsapat vett részt. A párosítások győztesei a 2. selejtezőkörbe jutottak.
Az első selejtezőkör két továbbjutójához 32 bajnokcsapat csatlakozott, így az alábbi 34 csapat vett részt ebben a fordulóban. A párosítások győztesei a 3. selejtezőkör, bajnokcsapatok selejtezőjébe jutottak.
2. A Bangor City a hazai mérkőzését a Belle Vue stadionban Rhylben játszotta, mert a stadionjuk, a Farrar Road stadionban nem felelt meg az UEFA előírásainak.
Ez a selejtezőkör két ágon zajlott, mely a bajnokcsapatoknak rendezett, valamint a bajnoki helyezés alapján induló csapatok selejtezőjéből állt.
Bajnokcsapatok selejtezője
A második selejtezőkör 17 továbbjutójához a 14–16.-ig rangsorolt nemzeti labdarúgó-bajnokságok 3 bajnokcsapata csatlakozott, így az alábbi 20 csapat vett részt ebben a fordulóban.
A párosítások győztesei a bajnokcsapatok rájátszásába kerültek, míg a vesztes csapatok a 2011–2012-es Európa-liga rájátszásában folytatták.
Bajnoki helyezés alapján részt vevő csapatok selejtezője
Ebben a fordulóban a 7–15.-ig rangsorolt nemzeti labdarúgó-bajnokságok 9 ezüstérmese és a 6. helyen rangsorolt nemzeti labdarúgó-bajnokság bronzérmese vett részt.
A párosítások győztesei a bajnoki helyezés alapján részt vevő csapatok rájátszásába kerültek, míg a vesztes csapatok a 2011–2012-es Európa-liga rájátszásában folytatták.
Bajnoki helyezés alapján részt vevő csapatok selejtezője
Ebben a fordulóban a 3. selejtezőkör, bajnoki helyezés alapján részt vevő csapatok 5 továbbjutójához csatlakozott a 4–5.-ig rangsorolt nemzeti labdarúgó-bajnokságok két bronzérmes csapata, valamint az 1–3.-ig rangsorolt nemzeti labdarúgó-bajnokságok három negyedik helyezett csapata. Összesen 10 csapat vett részt ebben a fordulóban.
Megjegyzés: Az 1991–92-es kiírás még bajnokcsapatok Európa-kupája néven volt, de ez volt az első szezon, amelyben csoportkör is volt. A szezonban nem volt egyenes kieséses szakasz a csoportkör és a döntő között.
Megjegyzés: A 2024–25-ös szezontól a csoportkör helyét átvette az alapszakasz, minden csapat egy csoportban versenyzett