Il a des parents corses : son père, instituteur puis médecin, est originaire de Zalana et sa mère, institutrice, de Propriano. Résistants pendant la Seconde Guerre mondiale, ils cachent des enfants juifs et sont reconnus « Justes parmi les nations ». Il a deux sœurs, Anne Marie Emmanuelli-Orecchioni, professeur d'université (faculté de pharmacie), et Claire Emmanuelli-Zara, médecin gynécologue[1], et un frère, Jean-Marc Emmanuelli, gynécologue et chirurgien, président de l’Association des médecins corses fondée par leur père, après la Seconde Guerre mondiale, avec des médecins insulaires exilés à Paris[2].
Pendant ses années d'études, il hésite entre la philosophie et la médecine. Militant communiste, il est copain de fac de Bernard Kouchner[3], avec qui il participe au service d'ordre antifasciste[3], puis à une expédition en Jordanie, en septembre 1970[4], cet anticolonialiste est un dessinateur occasionnel dans Hara-Kiri[1]. Avec Rony Brauman, il fait partie des nombreux membres du groupe d'amis de Cochin, qui ont une « forte propension » à « vivre le militantisme comme une occasion d'aller » principalement « casser du faf »[3], contre lesquels il fait « fréquemment le coup de poing »[5],[6].
Il opte finalement pour la médecine, étant diplômé en 1967 puis se spécialisant en neurologie puis en anesthésie-réanimation en 1976. Il est médecin généraliste des Houillères à l’hôpital des Mines de Freyming-Merlebach de 1972 à 1975 puis médecin dans la marine marchande pendant deux ans[7]. Entre-temps, il a intégré la direction de Médecins sans frontières, où il retrouve Rony Brauman qu'il a connu dans ses années militantes lorsqu'il était étudiant à l'hôpital Cochin et à qui il refuse par deux fois des missions lorsqu'il se présente en 1976 et 1978[8]. Il se forme ensuite à l’urgence et rejoint le SAMU sous la direction de son maître le professeur Pierre Huguenard, un des fondateurs du SAMU[1]. Il a trois enfants qui ont aussi suivi des études de médecine.
Il fonde en 1993 le SAMU social de la ville de Paris. Depuis 1997, il est redevenu praticien hospitalier et est responsable du réseau national Souffrance psychique et précarité créé en [9].
Fondateur en 1993 du SAMU social de la ville de Paris dont il démissionne en , à la suite de l'annonce de l'État sur les réductions drastiques des moyens alloués à l'hébergement d'urgence[10]. Il poursuivra toutefois son action au Samusocial International.
Parrain d'ActionFroid (Association citoyenne à but non lucratif venant en aide aux sans domicile fixe toute l'année).
Membre du comité d'honneur d'Aviation sans frontières et, en cette qualité, préfacier du livre de Bernard Chauvreau Pilotes sans frontières (Éditions France-Empire, ).
Au secours de la vie : La médecine d'urgence, coll. « Découvertes Gallimard / Sciences et techniques » (no 281), avec Julien Emmanuelli, Gallimard, 1996, (ISBN2070533247)
↑ ab et cPierre-Edouard Deldique, interview de Xavier Emmanuelli pour l'émission Idées sur RFI, 29 juillet 2012
↑Christophe Deloire, « Les Corses qui comptent », Le Point, no 1606, , p. 44
↑ ab et c"Entrer, rester en humanitaire : des fondateurs de MSF aux membres actuels des ONG médicales françaises" par Johanna Siméant-Germanos, dans la Revue française de science politique en 2001 [1]
↑"MSF, une vie de révoltes", par Jean-Francis Pécresse, le 20 décembre 2001 [2]
↑"Chapitre 1. 1968-1976 Le « coup » des fondateurs"" par Pascal Dauvin et Johanna Siméant-Germanos, dans "Le travail humanitaire", en 2002 [3]
↑"Entrer, rester en humanitaire : des fondateurs de MSF aux membres actuels des ONG médicales françaises", par Johanna Siméant-Germanos, dans la Revue française de science politique en 2001 [4]
↑Décret du 28 octobre 2013 portant maintien en fonctions et nomination de membres du conseil de l'ordre national de la Légion d'honneur (lire en ligne)
↑Décret du 14 mai 2014 portant élévation aux dignités de grand'croix et de grand officier (lire en ligne)