En 1864, Herschel épouse Anna Emma Hardcastle Haldane.
Pionnier de l'utilisation des empreintes digitales à fin d'identification
Alors qu'il est officier au Bengale, en Inde, Herschel se rend compte de l'intérêt des empreintes digitales à fin d'identification (c'est la dactyloscopie ; l'étude des empreintes palmaires est la chiroscopie). Après avoir relevé et étudié sur une longue période ses propres empreintes ainsi que celles de plusieurs autres personnes, il en arrive à la conclusion que ces traces sont persistantes et propres à chaque individu. Il est le premier Européen à utiliser ces marques de manière concrète, et c'est vers 1850 qu'il commence à faire apposer des empreintes digitales en guise de signature sur des contrats[1].
En 1858, Herschel fait relever comme signature toute l'empreinte palmaire. Il réagit à la révolte des cipayes, déclenchée un an auparavant, et qui a placé le Bengale sous le contrôle direct de la couronne d'Angleterre (le Raj britannique), mettant fin au contrôle de la Compagnie anglaise des Indes orientales[2]. Rajyadhar Konai, un homme d'affaires local, est ainsi l'une des premières personnes dont l'identification a été assurée par ce procédé.