Mais son commerce auprès des indigènes n’est pas brillant, notamment à cause de la crise économique de 1874. Le Muséum Godeffroy de Hambourg lui offre alors une nouvelle chance : l’institution le charge de récolter des spécimens d’histoire naturelle, faune et flore, pour son compte dans les îles Salomon et aux Nouvelles-Hébrides, territoires largement inexplorés jusqu’alors. Il est assassiné par des indigènes en 1881.
Il était l’oncle du prêtre et ornithologue Otto Kleinschmidt (1870-1954).
Bibliographie
Jakob Anderhandt: Eduard Hernsheim(de), die Südsee und viel Geld: Biographie in zwei Bänden. MV-Wissenschaft, Münster 2012, Band 1. Hier die Kapitel „Unglückliche Gelehrte“ (S. 487–509) und „Verschiedentlich Besuch“ (S. 511–532).
Die Forscher des Museum Godeffroy - Biographien, VIII. Johann Theodor Kleinschmidt (John Theodore Klinesmith) In: Abhandlungen des Naturwissenschaftlichen Vereines in Hamburg. Birgit Scheps: Das verkaufte Museum. Die Südsee -Unternehmungen des Handelshauses Joh. Ces. Godeffroy & Sohn, Hamburg, und die Sammlungen „Museum Godeffroy“. Goecke & Evers, Keltern / Weiler 2005, (ISBN3-937783-11-3), S. 142–155, Inhaltsverzeichnis (PDF) PDF.
Herbert Tischner: „Beiträge zur Ethnographie des alten Viti Levu und Vanua Levu nach unveröffentlichten Notizen und Zeichnungen Theodor Kleinschmidts aus den Jahren 1875–1878“. In: Beiträge zur Völkerforschung: Hans Damm zum 65. Geburtstag. Akademie-Verlag, Berlin 1961, S. 665–681.