Les Sharks rejoignent l'AFL pour la saison 2010, à la suite de la réorganisation complète de la ligue l'année précédente. Lors de leur saison inaugurale, ils ont établi le record de la ligue pour le plus grand nombre de victoires en saison régulière par une équipe d'expansion, en remportant douze de leurs seize matchs, et se sont classés au troisième rang dans la ligue pour la vente de billets et le nombre moyen de spectateurs. Ils se qualifient pour les séries éliminatoires de l’AFL 2010, remportant le titre de la division sud. Lors de leur deuxième année dans la ligue, ils se qualifient pour l'ArenaBowl XXIV[3]. Ils y battent les Rattlers de l'Arizona 73 à 70, pour le premier championnat AFL de l'histoire de la franchise[4],[5]. Ils quittent l'AFL après la saison 2016 et rejoignent la NAL.
L'histoire
Arena Football League (2010-2016)
L'Arena Football League souhaite à l'origine créer une franchise à Jacksonville dans les années 1990, citant le soutien historique de la ville au football[6]. La proposition attire l'attention de Wayne Weaver, alors propriétaire des Jaguars de Jacksonville, mais la ligue décide que le Jacksonville Coliseum est trop petit pour les normes de l'AFL[6]. En 2000, les Jacksonville Tomcats commencent à jouer dans l'AF2, la ligue de développement de l'AFL. La ligue et les propriétaires des Tomcats prévoient l'achèvement de la nouvelle arène, la Jacksonville Veterans Memorial Arena, qui compte 15 000 places, mais les Tomcats renoncent après la saison 2002, avant que la construction de l'arène soit achevée[7].
L'intérêt de placer une équipe de football américain en salle à Jacksonville demeure. En 2010, à la suite de la restructuration de l'AFL et de l'annulation de la saison 2009, l'AFL annonce qu'elle placera une équipe d'expansion à Jacksonville[8]. Le groupe de propriété sera le Jacksonville Sports Group, dirigé par Jeff Bouchy, ancien copropriétaire de l'équipe des Predators d'Orlando, dirigé par son frère Brett Bouchy. Le , il est officiellement annoncé que l'ancien leader du groupe Mötley Crüe, Vince Neil, achète une participation minoritaire dans l'équipe[9].
National Arena League (2017-présent)
Le , les Sharks annoncent qu'ils quittent l'AFL pour une ligue rivale, commençant pour la saison 2017[10]. Les Sharks sont rejetés par leur premier choix de ligue, la Indoor Football League (qui regroupe plusieurs anciennes franchises AFL), car l'IFL se concentre sur une empreinte régionale n'incluant pas la Floride[11].
Le , le propriétaire des Sharks, Jeff Bouchy, annonce que l'équipe rejoindra la nouvelle National Arena League. Il annonce également l'embauche de l'ancien entraîneur-chef des Phantoms de Toronto, Mark Stoute, deuxième entraîneur-chef de l'histoire de la franchise, en remplacement de l'entraîneur-chef intérimaire Bob Landsee. Après huit matches sans défaite, Stoute est renvoyé[12]. Siaha Burley est immédiatement embauchée comme remplaçant après avoir été coordinateur offensif des Gladiators de Cleveland de l'AFL[13]. Les Sharks sont presque invaincus pendant leur saison inaugurale en NAL, avant de perdre leur dernier match à domicile contre le Steel de Monterrey 44–37[14]. Ils ont vengé la défaite en battant Monterrey une semaine plus tard dans la demi-finale des séries éliminatoires 43-32 et ainsi se qualifier pour la finale. Les Sharks remportent le premier match du Championnat NAL 27–21 contre les Lions de Columbus[15].
La saison 2018 les verra terminer avec un bilan de 10-6, ce qui leur donne la troisième place de la saison régulière. En playoffs, ils perdent leur demi-finale 48-73 contre les Cobras de la Caroline[16].