Cette voie, ouverte en 1640 sous le nom de « rue du Pont », en référence à l’ancien pont Barbier sur lequel elle débouchait, prend rapidement au XVIIe siècle le nom de « Beaune » en référence à la ville bourguignonne[1].
Construit en 1632, le « pont Barbier » (du nom de son constructeur, Louis Le Barbier), puis « pont Sainte-Anne » (en l’honneur de la reine Anne d'Autriche), puis « pont des Tuileries » et, plus généralement, « pont Rouge » car il est peint de cette couleur, est un pont en bois de dix arches situé dans le prolongement de la rue. Endommagé par les eaux à plusieurs reprises, il est finalement emporté par les glaces à l’hiver 1684[2].
En 1874, on compte deux hôtels dans la rue, l’Élysée au no 3 et le Charlemagne au no 13[3].
No 3 : hôtel d'Auterive. Ancien hôtel meublé du Colisée, où a pour habitude de descendre l’explorateur Jules Dumont d'Urville (1790-1842)[4]. En 1874, c’est devenu l’hôtel de l’Élysée[3].
No 5 : hôtel de France et de Lorraine en 1889[8]. Le réalisateur Louis Delluc y est mort en 1924. Une plaque, apposée en 1949 par l’Association française de la critique de cinéma pour le 25e anniversaire de son décès[9], lui rend hommage.
Nos 6-16 (îlot délimité par la rue de Beaune, la rue de Verneuil, la rue du Bac et la rue de Lille) : au milieu du XVIIe siècle se trouve à cet endroit la halle Barbier, ou halle aux Prés aux Clercs. En 1659, celle-ci est rachetée par la Ville, qui a le projet d’y construire un hôtel pour y loger une compagnie de mousquetaires[10]. En 1671, un arrêt du Conseil d'État prescrit la « terminaison de l’hôtel de la 1re compagnie de mousquetaires, rue de Beaune »[11], c’est-à-dire de la caserne des Mousquetaires-Gris. Un siècle plus tard, en 1780, c’est à ce même emplacement que s’établit le marché Boulainvilliers[12]. C'est également au numéro 6, dans les anciennes écuries des mousquetaires que Jean-Marie Le Pen installera la Serp, sa société d'édition ainsi que le siège du Front national[13].