Lucien Jerphagnon est le fils d'Émile Jerphagnon, ingénieur (1891-1975), et de Jeanne, née Lallemand (1895-1927), mariés le . Alors qu'il n'a que six ans, sa mère meurt à 32 ans. Son père se remarie et neuf ans plus tard, naît Jean Jerphagnon (1936-2005), qui fait une haute carrière dans les télécommunications. Lucien Jerphagnon commence ses études à Nancy puis au lycée de Bordeaux[2].
Pendant l'Occupation, dénoncé comme réfractaire au STO, il est déporté vers une usine d'explosifs à Steyerberg à côté de Hanovre (1943-1945)[3].
À la Libération, il suit des études de théologie et de philosophie puis rejoint l'abbaye de Meaux. Il est ordonné prêtre le . Il enseigne alors la philosophie au grand séminaire de Meaux entre 1951 et 1961, date à laquelle il choisit de quitter les ordres.
Le 3 février 1962, Lucien Jerphagnon épouse Thérèse Noir (1934-2015). Le couple a une fille prénommée Ariane[3].
Après avoir consacré une thèse de psychologie à Pascal, il soutient sa thèse de doctorat de philosophie en 1965 sous la direction de Vladimir Jankélévitch qui est alors son maître en philosophie (et dont il fut l'assistant)[3]. La thèse, De la banalité. Essai sur l'ipséité et sa durée vécue : durée personnelle et co-durée, est publiée la même année[4]. Outre l'influence de Jankélévitch, il est également marqué par les travaux de Paul Veyne[5].
Il est professeur de philosophie au lycée Janson-de-Sailly et est nommé maître de conférences à l'université de Franche-Comté à Besançon (1966-1970), tout en étant conseiller à l'Institut international de philosophie (CNRS et UNESCO 1966-1984). Il enseigne ensuite l'Histoire de la philosophie antique et médiévale à l'université de Caen (1970-1984) où il a pour étudiant Michel Onfray qui lui rend hommage à sa mort[6]. Il prend sa retraite en 1984, et Luc Ferry lui succède.
Parmi ses nombreuses publications consacrées à la Grèce et à la Rome antique, il consacre une monographie à Julien, dit l'Apostat[7]. Dans Vivre et philosopher sous les Césars (Grand prix de l'Académie française -1980), il propose une histoire « non philosophique » de la philosophie antique et expose de quelle manière les philosophes ont tenté d'incarner leurs principes moraux et politiques dans le monde sensible. Il montre également l'intérêt que les empereurs ont porté à la philosophie en tant qu'instrument pour consolider leur pouvoir[8]. Il est connu pour ses « ambitieuses synthèses » (Histoire de la Rome antique, Histoire de la pensée : d'Homère à Jeanne d'Arc, Les Divins césars), rééditées à de nombreuses reprises[9],[10].
« Un savant qui sait unir un style rapide et séduisant à l'érudition la plus rigoureuse », lui trouvant « une simplicité familière, souvent mêlée de drôlerie, avec une précision sans faille[25]. »
↑Jean Bouffartigue, « Lucien Jerphagnon, "Julien dit l'Apostat, Histoire naturelle d'une famille sous le Bas-Empire" », Bulletin de l'Association Guillaume Budé, vol. 3, , p. 314 (lire en ligne).
↑Jonckheere-van Drooghenbroeck Joëlle, « Lucien Jerphagnon, "Le mal et l'existence. Réflexions pour servir à la pratique journalière" », Revue philosophique de Louvain, vol. 100, , p. 550-551 (lire en ligne).
↑« Lucien Jerphagnon, "Pascal et la souffrance" », Annuaires de l'École pratique des hautes études, vol. 64, , p. 87-88 (lire en ligne).