En 1806, Joseph Bonaparte est fait roi de Naples, Julie devient ainsi reine de Naples. Mais en 1808, Joachim Murat monte sur le trône de Naples en remplacement de Joseph qui est fait roi d'Espagne. À nouveau reine, Julie préfère cependant demeurer à Mortefontaine[1] dans l'Oise, où elle est tenue informée des relations adultères de son mari avec Teresa de Montalvo, comtesse douairière de Jaruco et María del Pilar Acedo y Sarriá, marquise de Montehermoso.
Après la défaite de l'armée française de Napoléon à la bataille de Vitoria, le et l'entrée des troupes alliées à Paris en 1814, Julie achète le château de Prangins en Suisse, près du lac Léman.
En 1816, sa sœur Désirée devenue en 1810princesse de Suède l'emmène en voyage en Suède, malgré les craintes de son mari qui estime que la présence d'un membre de la famille Bonaparte pourrait être pris comme une provocation.
Julie se rend ensuite à Francfort, où elle demeure avec ses filles pendant six ans, séparée de son mari franco-américain. Plus tard, elle s'installe à Bruxelles, puis à Florence, au Palais de la Serristori. Bien qu'épouse du prétendant impérial au trône de France de 1832 à 1844, elle ne tente pas de renouer avec le peuple français. Pendant cette période, elle perd contact avec sa sœur Désirée, qui en tant que reine s'est installée en Suède.
En 1840, Joseph la rejoint à Florence. En dépit de son adultère, elle parle de lui en tant que « son mari bien-aimé ». Il meurt dans ses bras le , à l'âge de soixante-seize ans. Elle le rejoint huit mois plus tard, le , à l'âge de soixante-treize ans. Leurs corps sont inhumés côte à côte en la basilique Santa Croce de Florence.
Dix-sept ans plus tard, en 1862, Napoléon III, devenu empereur des Français, rapatrie la dépouille de Joseph pour l'inhumer à la droite de Napoléon Ier. Les restes de Julie, Comtesse de Survilliers, demeurent toujours à la basilique Santa Croce, à côté de ceux de sa fille Charlotte, décédée le , à l'âge de trente-sept ans, en donnant naissance à un enfant mort-né.
Descendance
Du mariage de Julie avec Joseph Bonaparte naîtront trois filles :
Julie Joséphine Bonaparte (née et décédée en 1796) ;
Les membres de la famille impériale ayant régné sur la France sont soulignés Les membres de la famille impériale l'ayant intégrée par mariage sont en italiques « Les surnoms sont entre guillemets »